首先，仅按不同用途基准地价的一定比例确定的协议出让最低价标准，无法满足不同土地情况出让地价的需要，难于操作，致使有些地方公布的协议出让最低价标准形同虚设。

第二，具体出让地块地价内涵往往与协议出让最低价地价内涵不一致，二者不具有可比性，若以此确定协议出让土地出让金，既有可能导致国有土地资产流失，也往往会出现侵犯原土地使用者权益的情况。

第三，根据国土资源部《关于改革土地估价结果确认和土地资产处置审批办法的通知》，划拨土地使用权价格可作为企业权益计入企业资产，划拨土地需转为有偿使

用土地的，按出让土地使用权价格与划拨土地使用权价格差额部分核算出让金，这已不大适用于按上述文件规定确定的协议出让最低价标准。

缴纳土地出让金的流程

土地出让金缴纳给国土资源部门。法律规定提出过具体要求，主要是必须足额缴纳，不得低于法定标准，详见《土地管理法》、《土地管理法实施条例》、《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》等。

购房者携带购房合同、夫妻双方身份证、户口簿（或结婚证），购房发票、购房者房屋及附属建筑物所在楼的公房证等的复印件各一份，及首次购房证明、加盖公章的契税申请表到契税征收办公室缴纳契税。

一般只有三种性质的房子需要补交土地出让金，分别是房改房、经济适用房和70年产权到期的房子。其中产权到期的商品房现在还未有统一定论，这里暂不做讨论。而另外两种性质的房子所占用的土地都是“划拨”的，开始就没有缴纳土地出让金。

上市交易等需要补缴土地出让金或相当于土地出让金价款的标准，一种是当事人可以去当地的土地局查询是否缴纳，土地出让金缴纳给国土资源部门，土地使用权出让金是政府将土地使用权出让给土地使用者，并向受让人收取的政府放弃若干年土地使用权的全部货币或其他物品及权利折合成货币的补偿。

《新增建设用地土地有偿使用费收缴使用管理办法》

第六条土地有偿使用费在国务院和省级人民政府土地行政主管部门办理新增建设用地手续前缴纳，具体缴纳环节为：

一、农用地转用、征用土地属于同级审批的，土地有偿使用费在批准农用地转用前缴纳；

二、农用地转用、征用土地属于不同级审批的，土地有偿使用费在批准征用土地前缴纳；

三、只需办理农用地转用审批的国有农用地转为建设用地的，土地有偿使用费在批准农用地转用前缴纳；

四、只需办理农用地转用审批的农民集体的土地转为建设用地的，土地有偿使用费在批准征用土地前缴纳；

五、依据土地利用总体规划将国有未利用土地转为建设用地的，土地有偿使用费在批准转用前缴纳。

第七条上缴中央财政的土地有偿使用费作为中央财政基金预算收入，上缴地方财政土地有偿使用费作为地方财政基金预算收入，均专项用于耕地开发，不得平衡财政预算，结余结转使用。