1、对建设工程的安全质量承担连带赔偿责任。一是对建设工程本身不符合质量标准造成的损失，被挂靠企业与挂靠人承担连带赔偿责任；二是在建设工程施工过程中造成他人生命、身体、财产损失的，被挂靠企业与挂靠人承担连带赔偿责任。伤亡等安全事故一旦发生，往往给被挂靠企业带来非常严重的损失，有时完全可以带来毁灭性的后果，所收取的管理费可能远远不足以弥补所承担的损失。

2、对建设工程的对外债务承担法律责任。被挂靠企业作为法律上的承包主体，是该建设工程的债权的享有者和债务的承担者。如果是以被挂靠企业的名义对外签订采购合同，在工程施工中往往出现挂靠人与供应商等第三人之间的债务纠纷，法院将会判决被挂靠企业承担给付责任，当被挂靠企业再向挂靠人行使追偿权时，也往往会因为前者的承担能力欠缺而落空。

3、因劳动、工伤争议损害经济利益和社会形象。因为在施工过程中，挂靠人往往会大量招聘建筑工人，虽然挂靠人与被挂靠企业之间可能会在协议中明确约定建筑工人的工资以及一切工伤事故均由挂靠人承担，但是此约定会因为违反劳动法律而归于无效，最后被挂靠企业仍为责任承担者。另外，更多的情况是挂靠人与建筑工人之间根本不会签任何合同，工人只知道自己在这个工地上班，直接招聘他的人是谁都不知道，一旦拿不到工资，就只有找登记备案的工程承包人也就是被挂靠企业，被挂靠企业承担用人单位应承担的所有责任。民工的过激讨薪等行为还会损害被挂靠企业的社会形象。

4、管理费可能被没收。司法解释第4条规定，没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工公司名义与他人签订建设工程施工合同的行为无效，人民法院可以收缴当事人已经取得的非法所得。被挂靠企业的“非法所得”即指向挂靠人收取的管理费。

5、可能面临行政处罚，甚至被降低资质等级或吊销资质证书。《中华人民共和国建筑法》第66条规定：“建筑施工企业转让、出借资质证书或者以其他方式允许他人以本企业的名义承揽工程的，责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；情节严重的，吊销资质证书。”因此，被挂靠企业面临行政处罚的法律风险。如果在施工中监控不严，还会引发诉讼，影响以后投标时的资格审查；另外，如果发生重大质量安全事故，挂靠人当然难逃刑事制裁，但被挂靠企业资质可能被降低甚至被吊销，这对被挂靠企业来说就是灭顶之灾。