扣底薪是否合法视具体情况而定，具体情况如下：1、扣底薪是否违法得看用人单位是否有违规扣员工底薪。单位可以在员工底薪代扣个人所得税、社保、法院规定的抚养费和法律规定要扣的费用。这些行为扣底薪行为是合法的；2、但是单位如果打着做慈善旗号、在孕妇体检期间、在职工请事假期间克扣三倍工资、员工上班迟到和员工辞职克扣工资，这些扣底薪行为就是违法的。

劳动合同法请病假扣底薪吗

1、职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。

2、除劳动法第二十五条规定的情形外，劳动者在医疗期、孕期、产期和哺乳期内，劳动，劳动合同期限届满时，用人单不得终止劳动合同。劳动合同的期限应自动延续至医疗期、孕期、产期和哺乳期期满为止。

3、请长病假的职工在医疗期满后，能从事原工作的，可以继续履行劳动合同；医疗期满后仍不能从事原工作也不能从事由单另行安排的工作的，由劳动鉴定委员会参照工伤与职业病致残程度鉴定标准进行劳动能力鉴定。被鉴定为一至四级的，应当退出劳动岗，解除劳动关系，办理因病或非因工负伤退休退职手续，享受相应的退休退职待遇；被鉴定为五至十级的，用人单可以解除劳动合同，并按规定支付经济补偿金和医疗补助费。

4、劳动法第四十八条中的“最低工资”是指劳动者在法定工作时间内履行了正常劳动义务的前提下，由其所在单支付的最低劳动报酬。最低工资不包括延长工作时间的工资报酬，以货币形式支付的住房和用人单支付的伙食补贴，中班、夜班、高温、低温、井下、有毒、有害等特殊工作环境和劳动条件下的津贴，国家法律、法规、规章规定的社会保险福利。

5、劳动者患病或者非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作、也不能从事用人单另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单应按其在本单的工作年限，？满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。

《中华人民共和国劳动法》

第八十一条劳动争议仲裁委员会由劳动行政部门代表、同级工会代表、用人单位方面的代表组成。劳动争议仲裁委员会主任由劳动行政部门代表担任。

第八十二条提出仲裁要求的一方应当自劳动争议发生之日起六十日内向劳动争议仲裁委员会提出书面申请。仲裁裁决一般应在收到仲裁申请的六十日内作出。对仲裁裁决无异议的，当事人必须履行。