对于在行政诉讼中经过庭审质证的证据，可以采用两种方式认定：

(1)合议庭当庭认定。即合议庭对经过质证的证据是否具有证据能力和证据力在庭审中就予以确认。

(2)合议庭合议认定。这主要针对那些经过质证后无法当庭认定的证据而言，此时，由合议庭在庭后讨论过程中对证据是否具有证据能力和证据效力进行认定。然而，无论是当庭认定还是合议认定，法院都应在裁判文书中阐明证据是否采纳的理由，因为行政诉讼证据审查必须依法公开进行，认证在法庭上进行则是法定公开形式，这在行政诉讼法及相关司法解释中均有所体现，而且，对证据采纳与否的理由阐明有利于排除不合理的外界干扰，以保证法院独立审判，有利于防止司法专断和司法擅断，从而可增加司法过程的透明度。

行政审判中目前却存在着如下问题：(1)某些法院单纯追求当庭认证率，这是对合议庭认证方式的片面理解。实际上，由于证据之间以及证据与案件事实之间的关系具有复杂性，一味地要求当庭认证不符合实际，应针对具体案件进行具体分析，即是否当庭认证，可由法官依据案情确定。(2)证据是否采纳的理由未在法院的裁判文书中阐明。按照认证规则，无论是哪一级法院的裁判文书，都必须写明对当事人的证据是否采纳的理由，其中包括法官认证的过程和理由、法官适用法定证据规则取舍证据的理由等。当然，在某些特殊情况下，如双方当事人对某一证据无争议时，法院可不必在裁判文书中阐明证据是否采纳的理由，但对此应有所限制。对于上述不当之处，法官应注意结合此处的规范要求予以纠正。依据指引：

①《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》(2002年7月24日)

第七十二条庭审中经过质证的证据，能够当庭认定的，应当当庭认定；不能当庭认定的，应当在合议庭合议时认定。

人民法院应当在裁判文书中阐明证据是否采纳的理由。

②《最高若干问题的解释》(2000年3月8日)

第六十二条人民法院审理行政案件，适用最高人民法院司法解释的，应当在裁判文书中援引。

人民法院审理行政案件，可以在裁判文书中引用合法有效的规章及其他规范性文件。

③《最高人民法院关于人民法院合议庭工作的若干规定》(2002年7月30日)

第十条合议庭评议案件时，先由承办法官对认定案件事实、证据是否确实、充分以及适用法律等发表意见，审判长最后发表意见；审判长作为承办法官的，由审判长最后发表意见。对案件的裁判结果进行评议时，由审判长最后发表意见。审判长应当根据评议情况总结合议庭评议的结论性意见。合议庭成员进行评议的时候，应当认真负责。充分陈述意见，独立行使表决权，不得拒绝陈述意见或者仅作同意与否的简单表态。同意他人意见的，也应当提出事实根据和法律依据，进行分析论证。

合议庭成员对评议结果的表决，以口头表决的形式进行。