医疗机构执业许可证申请办理登记流程是：申请设办医疗机构单位或个人向县卫生局提交《医疗机构执业许可证》申请报告，并填写《医疗执业登记注册书》，然后提交相关材料，卫生行政部门自受理之日起45日内，进行审核。审核合格的，予以登记，发给《医疗机构执业许可证》，审核不合格的，将审核结果以书面形式通知申请人。

医疗机构许可证办理条件

1、申办对象：申请开办医疗机构的企业、机关事业单位、社会团体和其他机构、个人。

2、办理各医疗（个体）医疗机构执业许可证条件：

（1）符合自治州《医疗机构设置规划》。

（2）符合卫生部《医疗机构基本标准》。

（3）具有当地户口。

（4）房屋建筑面积达到40平方米以上。

（5）取得具有国家承认中专以上学历。

（6）取得本省区医师职称，并在注册的医疗机构从事五年以上同一专业临床工作人员。

（7）区外职称卫生技术人员，必须取得《医师执业证书》，方可申请《医疗机构执业许可证》。

（8）现从事的诊疗活动必须与医师职称专业相同（单科）。

（9）注册资金达到1万元以上。

法律依据：

《医疗机构管理条例》

第八条

设置医疗机构应当符合医疗机构设置规划和医疗机构基本标准。医疗机构基本标准由国务院卫生行政部门制定。

第九条

单位或者个人设置医疗机构，必须经县级以上地方人民政府卫生行政部门审查批准，并取得设置医疗机构批准书。

第十条

申请设置医疗机构，应当提交下列文件：（一）设置申请书；（二）设置可行性研究报告；（三）选址报告和建筑设计平面图。

《医疗机构管理条例》第十八条

县级以上地方人民政府卫生行政部门自受理执业登记申请之日起45日内，根据本条例和医疗机构基本标准进行审核。审核合格的，予以登记，发给《医疗机构执业许可证》；审核不合格的，将审核结果以书面形式通知申请人。

第二十条

医疗机构歇业，必须向原登记机关办理注销登记或者向原备案机关备案。经登记机关核准后，收缴《医疗机构执业许可证》。

医疗机构非因改建、扩建、迁建原因停业超过1年的，视为歇业。