发生的阶段不同，不起诉发生于审查起诉阶段，由人民检察院的公诉部门作出。撤销案件发生于侦查阶段，由人民检察院的反渎、监所部门作出。法律效果不同，撤销案件的，犯罪嫌疑人不承担任何不利后果。而不起诉又分为相对不起诉和绝对不起诉。

不起诉和撤销案件是两种形式不同但法律后果基本相同的程序处理决定。做出不起诉决定和撤销决定后，都意味着程序上终止了对犯罪嫌疑人刑事责任的追究。因而适用的条件和对象基本相同，但是这两种处理仍然有一些不同之处：

(1)适用阶段不同。撤销案件只能适用于侦查阶段，不起诉则是在审查起诉阶段适用。

(2)适用对象不同。撤销案件只能由有权立案的机关作出，不起诉决定可以适用于自己立案侦查的案件，也可以适用于公安机关立案侦查的案件。

(3)使用的主体范围不同。不起诉只能由人民检察院决定，撤销案件既可以有人民检察院作出，也可以由公安机关作出。

(4)意义不完全相同。撤销案件具有明显的纠错性质，不起诉则具有不能追究、从宽处理和纠错的三种属性。

一、检察院不起诉的法律规定

今天我来向大家介绍一下检察院不起诉的相关法律规定：我国关于不起诉的规定又分为法定不起诉、酌定不起诉及证据不足不起诉。一、法定不起诉又称绝对不起诉，适用于以下六种情形：(1)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的(2)犯罪已过追诉时效不予起诉，这是近代世界刑事诉讼法普遍适用的原则。(3)经特赦令免除刑罚的特赦是全国人大常委会根据中共中央或国务院的建议，经过审议决定，由最高人民法院和高级人民法院执行。(4)依照刑法告诉才处理的犯罪，对于这些案件，如果被害人及其他有告诉权的人不提出告诉，或者提出告诉后又撤回告诉的，人民检察院依法作不起诉处理。(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的犯罪嫌疑人、被告人死亡的，意味着失去了追究刑事责任的对象，追究其刑事责任已没有任何实际意义(6)其他法律规定免予追究刑事责任的。这是第一大点中的六点，第二大点是二、酌定不起诉又称相对不起诉。是指对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。