根据《国家税务总局关于推行增值税发票系统升级版有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第73号)第四条规定：“(一)一般纳税人开具增值税专用发票或货物运输业增值税专用发票(以下统称专用发票)后，发生销货退回、开票有误、应税服务中止以及发票抵扣联、发票联均无法认证等情形但不符合作废条件，或者因销货部分退回及发生销售折让，需要开具红字专用发票的，暂按以下方法处理：

1.专用发票已交付购买方的，购买方可在增值税发票系统升级版中填开并上传《开具红字增值税专用发票信息表》或《开具红字货物运输业增值税专用发票信息表》(以下统称《信息表》，详见附件1、附件2)。《信息表》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证(所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的除外)。经认证结果为‘认证相符’并且已经抵扣增值税进项税额的，购买方在填开《信息表》时不填写相对应的蓝字专用发票信息，应暂依《信息表》所列增值税税额从当期进项税额中转出;未抵扣增值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与《信息表》一并作为记账凭证;经认证结果为‘无法认证’、‘纳税人识别号认证不符’、‘专用发票代码、号码认证不符’，以及所购货物或服务不属于增值税扣税项目范围的，购买方不列入进项税额，不作进项税额转出，填开《信息表》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。

专用发票尚未交付购买方或者购买方拒收的，销售方应于专用发票认证期限内在增值税发票系统升级版中填开并上传《信息表》。

2.主管税务机关通过网络接收纳税人上传的《信息表》，系统自动校验通过后，生成带有‘红字发票信息表编号’的《信息表》，并将信息同步至纳税人端系统中。

3.销售方凭税务机关系统校验通过的《信息表》开具红字专用发票，在增值税发票系统升级版中以销项负数开具。红字专用发票应与《信息表》一一对应。“

因此，根据上述文件规定，纳税人可直接通过增值税发票系统升级版上传《开具红字增值税专用发票信息表》，税务机关通过网络接收信息，不需要纳税人再到税务机关进行申请。