一、在公司是否应该签订保密协议

员工在职的，不影响公司和员工签订保密协议，用人单位要与员工签订劳动合同时，可以约定保密协议相关事项。《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条【保密义务和竞业限制】用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。第二十四条【竞业限制的范围和期限】竞业限制的人员限于用人单位的高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的人员。竞业限制的范围、地域、期限由用人单位与劳动者约定，竞业限制的约定不得违反法律、法规的规定。在解除或者终止劳动合同后，前款规定的人员到与本单位生产或者经营同类产品、从事同类业务的有竞争关系的其他用人单位，或者自己开业生产或者经营同类产品、从事同类业务的竞业限制期限，不得超过二年。

二、违反保密协议的责任

（一）民事责任员工在职期间违反的，公司可以要求员工赔偿损失；

公司同员工签订协议约定离职后的保密事项的，如员工违反，公司可依约主张违约金或赔偿损失。

（二）行政责任根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关会依法责令违反保密协议约定的员工停止违法行为，并由监督检查部门责令停止违法行为，没收违法所得，处十万元以上一百万元以下的罚款；

情节严重的，处五十万元以上五百万元以下的罚款。

同时，工商管理机关在检查时，就会将侵权人载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。

（三）刑事责任对于违反保密协议造成严重后果的当事人，就有可能被认定为侵犯商业秘密罪。

按法律规定，有下列侵犯商业秘密行为之一，给商业秘密的权利人造成重大损失的，将会被判处三年以下的有期徒刑或者拘役，并且还会要求罚金或者就单独判罚金。

造成特别严重后果的，就可能会被判三年以上七年以下有限徒刑，还要求给罚金：

(1)以盗窃、利诱、胁迫或者其他不正当手段获取权利人们商业秘密的；

(2)披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；

(3)违反约定或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。

通过上述分析知道，依据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。

所以劳动者在职的，不影响签订保密协议。