根据原告的诉讼请求和证据，被告应当提出抗辩的理由，并根据案情，提出反驳证据，以及根据举证责任相对转移的规则，由被告进行举证。首先，被告可从以下几方面提出反驳证据：

一、商业秘密不能成立的证据。如前所述技术信息或经营信息成为受法律保护的商业秘密需要三个方面的条件，缺一不可，因此，作为被告应从这三个方面提出一些证据，表明技术信息或经营信息不能构成商业秘密。第一，技术信息或经营信息已公知的证据，被告可以从国际、国内的技术领域、生产领域举出有关公知的资料、产品、方案，等等，以证明该信息是可以从公开渠道直接获取的。第二，保密措施不适当的证据。技术信息或者经营信息上升为商业秘密，需要适当的保密措施为前提，若原告未采取保密措施，或保密措施不当，则不能作为商业秘密保护。如果被告能举证证明，原告没有采取保密措施，将有关资料置于公开场合；或者没有具体确定保密范围及保密内容；或者没有将有关保密规章制度告知相对人，以明确相对人的保密义务，这些都表明保密措施不适当。第三，该信息不具有经济价值或不具有实用性的证据。被告可以举出证据证明所谓的技术信息尚处于概念、意向阶段等，还不具有确定的可应用性，不能为权利人带来现实的或者潜在的经济利益或者竞争优势。

二、侵权行为不存在的证据。被告可以通过有关证据证明无以不正当手段获取商业秘密的行为；无违约将所掌握的商业秘密进行使用、泄露的行为，等等。

三、不明知和不应知的证据。这主要是通过相关证据反驳原告提出的明知或应知的证据以证明自己对商业秘密的获取和使用等行为是善意的。

四、有关损害的证据。被告通过这方面的反驳证据以证明原告的实际损失并不存在，或者损失较小，同时以此证明损害的范围。

其次，被告承担举证责任的情况，这种情况的前提是，原告必须证明被告曾了解商业秘密，如曾是管理、使用、开发原告商业秘密的人员；而且应证明被告的侵权产品与其产品相同或相类似。在这种情况下，被告在以下几方面应承担举证责任：

一、被控侵权的商业秘密与原告的商业秘密不同的证据。既然原告能证明被告知晓原告商业秘密，那么就应当推定被告生产、销售相同或相似商品中使用或者披露了原告的商业秘密，被告就有责任举证证明其未使用或披露与原告相同的商业秘密，否则则推定被告所使用的商业秘密与原告的相同。

二、被告商业秘密来源合法的证据。商业秘密获得的合法途径包括赠与、转让、合营、继承、兼并、反向工程以及其他科技研制开发。在一般情况下，被告可以通过商业秘密合法来源的证据以证明利用商业秘密的合法性。但在某些案件中，被告所举商业秘密合法来源的证据则受到限制，如跳槽的技术人员、营销人员，在被控侵权时，不能以反向工程和科技开发作为合法来源的证据，因为他们所掌握的原单位的技术和经营信息，是很难与他们通过反向工程或者其他研制开发所掌握的技术信息和经营信息相区别。