一、损害股东利益纠纷的原因有哪些？

损害股东利益纠纷的原因有：公司内部相关制度不够完善；职位公示不明；忠实勤勉义务的界定模糊；公司与高管人员的矛盾较易激化，缺乏协商解决的土壤。

损害股东利益责任纠纷是指公司董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益，应当对股东承担损害责任而与股东发生的纠纷。所谓公司高级管理人员包括公司的经理、副经理、财务负责人，上市公司董事会秘书和公司章程规定的其他人员。

二、股东权益受到损害时如何进行起诉？

对中小股东权益保护的机制有两种途径：一是直接诉讼，一是派生诉讼。

所谓直接诉讼，是指股东为了自己的利益，以自已的名义对公司或者其他权利侵害提起的诉讼。这类诉讼包括：

1、股东会董事会决议撤销之诉：股东会、股东大会或者董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规、或者公司章程，或者决议内容违反公司章程等

2、决议无效之诉。

3、损害赔偿之诉：董事、高级管理人员违反法律、行政法规或者公司章程的规定，损害股东利益的，股东可以向人民法院起诉。股东派生之诉，是指股东为公司利益而提起的诉讼。由于股东利益与公司利益是相一致的，因此股东为公司利益而起诉，实质上也是为了自己的利益，只是不那么直接罢了。公司董事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规、公司章程规定，给公司造成损失的，有限责任公司的股东，股份有限公司连续180日以上单独或者合计持有公司1％以上股份的股东，可以书面请求监事会或者不设监事会的有限责任公司的监事，向人民法院提起诉讼。监事会、不设监事会的有限责任公司的监事，收到前款规定的股东书面请求后拒绝提起诉讼，或者自收到请求之日起30内未提起诉讼，或者情况紧急，不立即提起诉讼将会使公司利益受到难以弥补的损失的，前款规定的股东有权为了公司的利益以自己的名义向人民法院提起诉讼。

股东对于一家公司的正常经营而言是十分重要的，而在现实生活经营中，股东的合法权益通常会因为各种问题或者纠纷受到损害。一旦发生损害自己合法权益的情况的，需要股东保留好相关的证据材料，向当地的人民法院进行起诉，以维护自己的合法权益不受侵害。