管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。

《专利法》第六十条未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民法院起诉。

专利权纠纷的妥善处理还要明确以下几点：

1.专利权是指依据专利法的规定，权利人对获得专利的发明创造，在法定期限内享有的专有权。专利法规定，专利权人对其获得专利的发明创造，享有专有和独占的权利，除非法律另有规定，任何人不得为生产经营目的制造、使用、许诺销售、销售、进口其专利产品，或者使用其专利方法，以及使用、销售、进口依照该专利方法直接获得的产品。否则就构成侵权行为。

2.专利权是一种民事权利，民事权利受到侵害，可以由当事人自主选择维权方式。我国专利法规定了三种方式：第一是协商解决，即侵权纠纷发生时，由当事人协商解决；第二是提起诉讼，即当事人不愿协商或者协商不成时，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉；第三种是请求管理专利工作的部门处理，管理专利的部门是指省、自治区、直辖市的专利行政管理部门和承担专利管理的其他政府部门和组织。

3.管理专利部门的行政处理。专利侵权纠纷发生后，如果当事人请求管理专利的部门来处理时，则管理专利的部门必须处理，依据事实和法律做出判断，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起15日内依照《行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。

4.管理专利部门的行政调解。专利侵权纠纷发生后，管理专利的部门应当事人请求，在对纠纷进行处理时，可应当事人的请求，就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《民事诉讼法》向人民法院起诉。

5.专利侵权纠纷中的证据问题。无论是人民法院还是管理专利工作的部门在处理专利侵权纠纷时，均要求有关人员和单位提供有关证据。专利法规定，对于涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明，即被诉侵权人承担举证责任；涉及实用新型专利的，人民法院或者管理专利工作的部门可以要求专利权人出具由国务院专利行政部门作出的检索报告，以方便对是否侵权作出判断，准确及时地处理纠纷。