一、未经国家有关主管部门批准的认定

根据刑法第一百七十九条第一款的规定，擅自发行股票、公司、企业债券罪的成立以未经国家有关主管部门批准为前提。由于发行证券的种类不同，依法批准的主管部门也有所区别：1．发行股票。根据《证券法》第十条第一款、第十三条第二款的规定，股票的公开发行以及上市公司非公开发行新股须依法报经国务院证券监督管理机构核准。2．发行公司债券。《证券法》第十条第一款、《公司法》第一百五十五条第一款规定，公司债券的公开发行由国务院授权的部门核准，但根据《证券法》第十六条第三款、《公司法》第一百六十二条第一款的规定，上市公司发行可转换为股票的公司债券，应当报经国务院证券监督管理机构核准。3．发行企业债券。根据《证券法》第十条第一款的规定，企业债券的公开发行由国务院授权的部门核准。国务院颁布的《企业债券管理条例》第十一条第二款明确了国务院授权的部门：中央企业发行企业债券，由中国人民银行会同国家计划委员会（现为国家发改委）审批；地方企业发行企业债券，由中国人民银行省、自治区、直辖市、计划单列市分行会同同级计划主管部门审批。

未经国家有关主管部门批准在司法实践中主要表现为：行为人根本未向上述国家有关主管部门申请；行为人虽然提出申请，但因不符合发行条件而未得到上述国家有关主管部门批准；行为人虽然提出申请，但上述国家有关主管部门尚未正式批准；虽有批准文件，但批准机关不是法定的国家有关主管部门，而是其他国家机关或地方政府；虽有批准文件，但该文件系行为人自行伪造、变造；虽有合法的批准文件，但上述国家有关主管部门撤销原作出的批准决定并通知行为人后，行为人仍继续发行；虽有合法的批准文件，但行为人超过批准的限额发行；虽有合法的批准文件，但行为人实际发行的证券种类与批准发行的证券种类不符；虽有合法的批准文件，但行为人在证券发行的法定有效期后仍继续发行。

二、擅自发行的认定

从发行方式上看，证券发行包括公开发行和非公开发行。根据《证券法》第十条第二款的规定，有下列情形之一的，为公开发行：1．向不特定对象发行证券；2．向累计超过200人的特定对象发行证券；3．法律、行政法规规定的其他发行行为。而非公开发行是指向累计不超过200人的特定对象发行证券的行为。其中，特定对象包括：专业机构投资者（如商业银行、保险公司）、公司的利益关联人（如股东、关系公司）、公司的内部人员（如公司董事、高级管理人员、职工）等。同时，《证券法》第十条第三款规定，非公开发行证券，不得采用广告、公开劝诱和变相公开方式。基于以上表述，可以推定：1．只要采用广告、公开劝诱和变相公开方式等公开募集形式发行证券的，不论是针对特定对象还是不特定对象，不论对象人数累计是否超过200人，均属于公开发行证券的行为；2．只要发行证券的对象累计超过200人，不论其采取何种募集形式，发行对象是否特定，均属于公开发行证券的行为。

根据《证券法》第十条第一款的规定，公开发行证券须依法报经国务院证券监督管理机构或者国务院授权的部门核准。而非公开发行证券，除《证券法》第十三条第二款规定之外，尚无其他法律、行政法规要求须经核准。由于未经国家有关主管部门批准与擅自发行是紧密联系、不可分割的构成要件，且前者是后者的充分条件，因此，未经国务院证券监督管理机构或国务院授权的部门核准而公开发行股票、公司、企业债券的，或者上市公司未经国务院证券监督管理机构核准而非公开发行新股的，即属本罪意义上的擅自发行。

三、擅自发行证券投资基金的认定

根据《证券投资基金法》第二条的规定，证券投资基金（以下简称基金）是指通过公开发售基金份额募集投资者资金，由基金管理人管理，基金托管人托管，为基金份额持有人的利益，以资产组合方式进行证券投资活动的基金形式。同时，该条还明确，本法未规定的，适用《信托法》、《证券法》和其他有关法律、行政法规的规定。与之相应，《证券法》第二条第二款也规定，证券投资基金份额的上市交易，适用本法；其他法律、行政法规有特别规定的，适用其规定。由此可见，基金与股票、公司债券、企业债券同属证券范畴。