劳动合同主体变更方式有：

第一种方式是员工辞职然后与第三方企业签定新的劳动合同。第三方企业在发给员工的要约中必须明确规定，只有员工向原企业提出辞职，要约才能生效。这样做的好处在于原企业无需为此支付经济补偿金，但是第三方企业对于员工将会给出较高的待遇以获取员工的同意。

第二种方式是企业与员工协商终止劳动合同。为此企业可以签订协议,约定由第三方企业负担向员工支付的经济补偿金。

第三种方式是三方协商转让,约定由第三方企业承继原企业在劳动合同项下的权利义务,但第三方企业可以与员工进行协商变更。这种方法应当约定员工的工龄继续计算,并且在原合同项下的权利应当得到保障。如此,企业将无需立即支付经济补偿金,而员工的合法权益也并不受到任何损害。

一、第三方协议是什么？

答：第三方协议是指企业将人事外包给相应的人力资源公司，员工进入企业工作时，不是和企业之间签劳动合同，而是与企业外包的人力资源公司(即第三方)签劳动合同，所以注意员工到企业工作属于派遣性质，不是企业的正式员工。

二、异地劳动关系转移需要注意的问题

第一，要保留员工关系转移原因的证据，以证明企业的行为确因客观情况，而非主观恶意，以便在发生法律诉讼时，不至于太过被动。

第二，要与员工进行充分的协商。关于协商，需要注意三点。

首先，在确定转移员工的名单后，企业可以根据自身情况采取召开全体会议，也可以召开部门内会议，由部门负责人对涉及到的人员进行小范围开会。无论哪种会议方式，企业在此期间均应注意保留证据。比如，在召开会议时，要求所有涉及员工签到。在会议中，企业应坦诚地告知劳动者企业的客观情况，如业务转移、部门取消等等，并且将这些宣讲内容写入会议纪要。

同时，对于工龄等敏感问题不要回避，最好在会议上向员工明示，到新单位后工龄累计计算，如果不同意转移的，则按照法律规定根据劳动者在本企业的工龄支付经济补偿金，避免不同工龄的员工在比较经济补偿金时产生心理不平衡的现象。案例中的余某实际就是这种情况，因其在该企业工作差一点不满一年，所以只能拿到一个月工资的经济补偿金，和其他同事相比难免心有不满，从而向企业提出更苛刻的解除条件。在开会完毕，会议记录上应要求全体与会人员签字，以证明员工知晓该情况，并且与员工进行了协商。

其次，为了使员工劳动关系顺利转移，除了本企业内部的宣传外，接收企业友好的态度和优良的福利待遇也会成为促成员工关系转移的另一个关键因素。再次，对于个别不配合的员工，企业除了大会上的宣讲外，再提供单独沟通的机会，并且保留与其协商的证据。除了上述保留员工关系转移原因的证据和与员工进行充分协商外，还要及时办理劳动关系解除手续。员工关系转移不要无限期地协商，以免扩大企业的损失，产生更多的变数。在与员工经过几次协商后，个别员工仍然不同意转移的，企业应及时与员工办理劳动关系解除手续。