土地增值税清算一般有两种计算方法，下面分别称为甲计算法和乙计算法。这两种方法纳税人不能任意选用，但不同的计算方法和计算口径，给纳税人带来的税负却不同。

甲计算法，指在同一个房地产开发项目中，先按普通住宅、非普通住宅、门面房、车库和其他房开产品等，单独采用房开产品销售收入比例或房开产品定额成本比例或其他合理方法，分别计算各房开产品的增值额与扣除项目金额，据以计算各房开产品应纳的土地增值税。

乙计算法，指在同一个房地产开发项目中，以国家有关部门审批的房地产开发项目（包括普通住宅、非普通住宅、门面房、车库和其他房开产品等）为单位，先统一核算该房地产开发项目的增值额与扣除项目金额。然后再按房开产品销售收入比例或房开产品定额成本比例或其他合理方法，在普通住宅、非普通住宅、门面房和车库等其他房开产品中分配增值额与扣除项目金额，据以计算各房开产品应纳的土地增值税。

一、土地增值税清算条件

纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算。

（一）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；

（二）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；

（三）直接转让土地使用权的。

对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。

（一）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85％以上，或该比例虽未超过85％，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；

（二）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；

（三）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的；

（四）省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。

对前款所列第（三）项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。

二、土地增值税清算期限

对于符合清算条件，应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。对于符合第二种清算条件，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算；对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。

应进行土地增值税清算的纳税人或经主管税务机关确定需要进行清算的纳税人，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《中华人民共和国税收征收管理法》有关规定处理。