环境保护行政处罚办案的一般程序具体如下：

1、立案

环境管理股、监察大队、自然生态保护股、审批股等(以下简称职能部门)发现违法案件，应当场取证，在2日内填写立案呈批表，交法制股。

法制股在2日内初审并提出意见，报分管局长、局长。

分管局长、局长在3日内批准是否立案。

2、调查取证

职能部门派出调查人员(不少于2人)进行调查取证，应主动出示执法证件。

调查要制作笔录，询问应个别进行。

需要监测的，要制作监测结果报告，并由监测单位盖章和监测人员签名。

3、审议

经调查后确定不需作出行政处罚的案件，职能部门要填写《撤消立案审批表》交法制股，经分管局长签署意见后归档。

对需要作出行政处罚的案件，职能部门提出初步处罚意见，法制股对案件违法事实和适用法律进行审查，提出处理意见，报局长审批。

作出责令停止生产或使用、吊销许可证或者对个人处以3000元以上、对法人或其他组织处以10000元以上罚款等重大行政处罚决定的，由局领导班子讨论决定。

4、听取申辩与听证。在《行政处罚决定书》下达3日前，职能部门的调查人员制作《行政处罚事先告知书》告知当事人违法事实、处罚依据、拟作出的处罚，以及当事人享有的陈述、申辩权利，制作“申辩笔录”。

对责令停止生产或使用、吊销许可证或者对个人处以3000元以上、对法人或其他组织处以10000元以上罚款等重大行政处罚的，告知当事人有权要求听证，其申请须在被告知3日内提出。

听证按《行政处罚法》和《环境保护行政处罚办法》规定的程序进行。

听证主持人由法制股非本案调查人员担任，职能部门的调查人员参加。

5、签发

法制股根据审议、申辩与听证结果，责成监察大队制作《行政处罚决定书》，由局长签发。

《行政处罚决定书》应当在立案之日起3个月内作出。

6、送达

《行政处罚决定书》在作出决定之日起7日内，由监察大队送达当事人或其委托代理人。

送达具体方式有直接送达、留置送达、委托送达、邮寄送达、公告送达。

受送达人拒收处罚决定书的，送达人应当记明拒收的事由和日期，将处罚决定书留置受送达人住所或收发部门，即视为送达。

7、执行

行政处罚决定从《行政处罚决定书》送达之日起执行。

当事人逾期不申请复议，不提起诉讼，又不执行的，由职能部门告知法制股，经局长同意后由监察大队负责承办申请法院强制执行的具体事宜。

8、归档

案件终结，由执行处罚的监察大队及时写出结案报告。

案件办结后，办案人员应交协案过程中形成的材料立卷归档。

立卷归档的总原则是“谁办案、谁立卷”“一案一卷”。案件承办人员应当将办案过程中所形成的材料，按照材料齐全、排列有序、装订整齐、便于查阅的原则立卷归档。

案件归档后，任何单位和个人均不得私自增添或抽取案卷材料。

一、环境行政执法人员在适用简易程序时必须遵循下列步骤

1.表明身份。即执法人员应出示环境监理执法证，佩戴环境监理证章，以表明自己是合法的执法主体。

2.说明理由。环境行政执法人员应当向当事人说明处罚理由及法律依据。

3.给予当事人陈述和申辩的机会。当事人可以口头申辩，环境执法人员要予以正确、全面地口头答辩。

4.制作行政处罚决定书。环境行政执法人员当场作出行政处罚决定的，应当填写编有号码的行政处罚决定书。处罚决定书应当载明当事人的违法行为、行政处罚的依据、处罚的种类或罚款数额、违法行为发生的时间和地点、环境行政机关的名称以及执法人员签名或盖章。

5.送达。环境行政执法人员按照法定格式要求填写完毕处罚决定书后，应当场交付当事人。

6.备案。由有关环境行政执法人员上交处罚决定书的存根或副本，或者在所属机关就处罚基本事项进行登记。登记的主要内容应包括：被处罚人的姓名、单位、违法行为、行政处罚种类或罚款数额、处罚的时间和地点以及执法人员的姓名等。