最惠国待遇原则的例外大致有以下几种：

第一、《关税与贸易总协定》第20条“一般例外”中的规定，例如，为保障人民、动植物的生命或健康所必需的措施；有关输出或输入黄金或白银的措施；为保护本国具有艺术、历史或考古价值的文物而采取的措施；以及国家为了维护国内的公共秩序而制订的限制规定与禁令，都不适用最惠国待遇原则。

第二、《关税与贸易总协定》第21条规定的“安全例外”是为保护国家基本安全利益而制订的规定和禁令。

第三、《关税与贸易总协定》第24条“适用的领土范围——边境贸易——关税同盟和自由贸易区”中规定，最惠国待遇原则不适用于任何缔约一方为便利边境贸易所提供的或将来要提供的权利和优惠；结成关税同盟的国家间在关税方面的特殊待遇不能给订立最惠国待遇条款的缔约国；形成自由贸易区的某些国家之间相互给予的特别优惠和豁免也不给予订立最惠国待遇条款的国家。这就是说，对于关税同盟或自由贸易区成员国之间相互给予的优惠，关税与贸易总协定其他缔约方不能自动获得。缔约方之间边境小额贸易的优惠不得自动延伸到其他缔约方。特别是发达国家给予发展中国家的非互惠的特别优惠待遇，其他发达的缔约国不能享受关税与贸易总协定承认关税同盟和自由贸易区作为适用最惠国待遇制制度的例外是有条件的。其一，关税同盟或自由贸易区成员国必须对相互间的一切贸易都取消关税和其他贸易限制，只对某项或某几项产品取消关税或其他限制，关税与贸易总协定不承认其能够作为适用最惠国待遇制度的例外。其二，关税同盟和自由贸易区成员国不得损害那些非成员国的关税与贸易总协定缔约国，不得形成歧视待遇。关税同盟指一个单独的关税领土代替两个或两个以上的关税领土。组成关税同盟的成员国之间的贸易已取消了关税和其他贸易限制，同时，成员国对非成员国的贸易采用了相同的关税税率和相同的贸易规章。这样完全由关税同盟来行使关税同盟成员国的关税主权。自由贸易区指由两个以上的关税领土所组成的一个对这些组成领土的产品的贸易，实质上是已取消了关税和其他贸易限制的集团。它与关税同盟的区别在于，自由贸易区成员国对非成员国不实行相同的关税税率。这样，自由贸易区各成员国在关税问题上对外仍保留部分的关税主权。

第四、关税与贸易总协定有关条多规定的其他例外情况主要还有：有关国际收支平衡而采取进口限制措施的例外；政府对经济发展的援助例外；关于为保护国内产业而对某些产品的进口采取紧急措施的例外；以及在征收反倾销税和反贴补税方面的例外等。