只是非法拘禁三个小时不能立案。国家机关工作人员涉嫌利用职权非法拘禁，具有下列情形之一的，应予立案。

1、非法拘禁持续时间超过二十四小时的；

2、三次以上非法拘禁他人，或者一次非法拘禁三人以上的；

3、非法拘禁他人，并实施捆绑、殴打、侮辱等行为的；

4、非法拘禁，致人伤残、死亡、精神失常的；

5、为索取债务非法扣押、拘禁他人，具有上述情形之一的；

6、司法工作人员对明知是无辜的人而非法拘禁的。

在对国家机关工作人员实施的非法拘禁行为是否构罪上，有一个“度”的规定，只有超过了这个度，才追究其刑事责任。国家机关工作人员因为其身份的特殊性，法律对其的要求比一般群众要严。

一、非法拘禁主体要件

非法拘禁罪的主体既可以是国家工作人员，也可以是一般公民。从实际发生的案件来看，多为掌握一定职权的国家工作人员或基层农村干部。另外，这类案件往往涉及的人员较多。有的是经干部会议集体讨论决定的；有的是经上级领导同意或默许的；有的是直接策划、指挥者，有的是动手捆绑、奉命看守者。因此，处理时要注意，依法应当追究刑事责任的，只是其中的直接责任者和出于陷害、报复和其他卑鄙动机的人员。对其他人员应实行区别对待，一般不追究刑事责任。

主观要件非法拘禁罪在主观方面表现为故意，并以剥夺他人人身自由为目的。过失不构成非法拘禁罪。非法拘禁他人的动机是多种多样的。有的因法制观点差，把非法拘禁视为合法行为；有的出于泄愤报复，打击迫害；有的是不调查研究，主观武断、逼取口供；有的是闹特权、耍威风；有的是滥用职权、以势压人；也有的是居心不良，另有所图。不管出于什么动机，只要具有非法剥夺他人人身自由的目的，故意实施了非法拘禁他人，即构成非法拘禁罪，如果非法剥夺他人身自由是为了其他犯罪目的，其他犯罪比非法拘禁罪处罚更重的，应以其他罪论处。

非法拘禁的立案标准在法律上有明确的规定，必须符合相关立案标准的公安机关才会进行立案处理，在司法实践中，对非法拘禁的相关事项处理应当根据司法机关的相关规定进行，公民被非法拘禁的情况下，还可以向执行非法拘禁的上级行政机关进行行政复议，要求对相关情况进行重新认定。