1、立法精神不同除斥期间制度的目的，是为维持已经存在的法律关系。而诉讼时效制度的目的，却是维护与原法律关系相对立的新的社会关系。例如，甲出卖财产给乙，甲在诉讼时效期间未行使其主张价款的权利，因时效期间届满乙可以拒绝给付，以继续维持甲未行使其权利而形成的新秩序。

2、适用客体不同除斥期间的客体一般为形成权。但并非所有的形成权民法都设定除斥期间。有的形成权根本无行使期间的限制，如共有物分割权，通说认为其系形成权，共有人任何时候提出分割共有财产的要求，均受法律的保护。诉讼时效的客体为请求权，但也不是一切请求权均应适用诉讼时效。通常认为，债权请求权、物上请求权中财产返还请求权和恢复原状请求权应适用诉讼时效。而基于身份关系的请求权、物上请求权中的排除妨害请求权、消除危险请求权、所有权确认请求权等则不应适用诉讼时效。

3、期间性质不同除斥期间规定权利存续的固定时间属不变期间，除法律有特殊规定者外，不能中止、中断和延长，且期间较短，以早日确定当事人间的关系为目的。诉讼时效为可变期间，可以适用中止、中断和延长的规定，且期间较长。

4、期间计算不同因为诉讼时效适用于请求权，而请求权的范围十分广泛且具有共同特征，因此，各国民法均在法律上作出了总括性的规定。而除斥期间是在不同的场合对不同的形成权设置的时间限制，因此缺乏共通的基础，立法只能针对具体情况分别规定除斥期间的起算点，这种起算时间往往存在差异。在法律未规定或当事人未约定除斥期间的起算点的情况下，一般来说，应自权利发生之日起算。

5、法律效力不同除斥期间届满，实体权利本身当然消灭。而诉讼时效的效力，尽管各国民事立法的规定有所不同，但大多数国家采用诉权消灭主义或抗辩权发生主义。司法实践中，很多人区分不清楚除斥期间和诉讼时效，我国法律制度中规定的除斥期间的适用范围比较广，类似于法律制度中规定了可撤销婚姻的法定情形，但是可撤销婚姻的除斥期间是一年，如果这一年内没有请求法院撤销婚姻，就会失去请求法院撤销婚姻的权利。