赔偿义务机关可以分为两大类，一类是刑事赔偿义务机关，另一类是行政赔偿义务机关，不同类型的案件会由不同的机关单位进行赔偿，另外，不同的涉案部门的不同，赔偿单位也会不同。

（一）行政赔偿义务机关

根据《国家赔偿法》，赔偿义务机关的确定分以下几种情形：

1、行政机关及其工作人员行使职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关

2、两个以上行政机关共同行使职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，共同行使行政职权的行政机关为共同赔偿义务机关

3、法律、法规授权的组织在行使授予的行政权力时侵犯公民，法人和其他组织的合法权益造成损害的，被授权的组织为赔偿义务机关。

4、受行政机关委托的组织或个人在行使受委托的行政权力时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，委托的行政机关为赔偿义务机关；

5、赔偿机关被撤销的，继续行使其职权的行政机关为赔偿义务机关；没有继续行使其职权的行政机关的，撤销该赔偿义务机关的行政机关为赔偿义务机关。

6、经复议机关复议的，最初造成侵权行为的行政机关为赔偿义务机关，但复议机关的复议决定加重损害的，复议机关对加重的部分履行赔偿义务。

行政赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求，也可以在申请行政赔偿复议和提起行政诉讼时一并提出，但不得不经赔偿义务机关处理而直接提起诉讼。

（二）刑事赔偿义务机关

根据《国家赔偿法》赔偿义务机关的确定分以下几种情形

1、行使国家侦查、检察、审判、监狱管理职权的机关及其工作人员在行使职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该机关为赔偿义务机关

2、对没有犯罪事实或者没有事实证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留的，作出拘留决定的机关为赔偿义务机关；

3、对没有犯罪事实的人错误逮捕的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关；

4、再审改判无罪的，作出原生效判决的人民法院为赔偿义务机关。二审改判无罪的，作出一审判决的人民法院和作出逮捕决定的机关为共同赔偿义务机关。

赔偿请求人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求，逾期不予赔偿或赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可自期间届满之日起三十日内向其上一级机关申请复议。

中级以上人民法院设立赔偿委员会，由人民法院三名至七名审判员组成。

赔偿请求人要求国家赔偿的，赔偿义务机关、复议机关和人民法院不得向赔偿请求人收取任何费用。