工程合同因第三方违约的可以协商处理，也可以申请仲裁调解，或者起诉处理，根据《民法典》规定：

第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

第五百七十八条当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满前请求其承担违约责任。

第五百七十九条当事人一方未支付价款、报酬、租金、利息，或者不履行其他金钱债务的，对方可以请求其支付。

第五百八十条当事人一方不履行非金钱债务或者履行非金钱债务不符合约定的，对方可以请求履行，但是有下列情形之一的除外：

（一）法律上或者事实上不能履行；

（二）债务的标的不适于强制履行或者履行费用过高；

（三）债权人在合理期限内未请求履行。

有前款规定的除外情形之一，致使不能实现合同目的的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求终止合同权利义务关系，但是不影响违约责任的承担。

工程合同无效违约责任是什么

违约责任有三种基本形式，即继续履行、采取补救措施和赔偿损失。除此之外，违约责任还有其他形式，如违约金和定金责任。

相关法律规定：

第二条建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。

第三条建设工程施工合同无效，且建设工程经竣工验收不合格的，按照以下情形分别处理：

（一）修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持；

（二）修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。

因建设工程不合格造成的损失，发包人有过错的，也应承担相应的民事责任。

1、承包人的责任

（一）工程质量不符合合同规定的，负责无偿修理或返工。由于修理或返工造成逾期交付的，偿付逾期违约金；

（二）工程交付时间不符合规定，按合同中违约责任条款的规定偿付逾期违约金。

2、发包人的责任

（一）超过合同规定日期验收，按合同的违约责任条款的规定偿付逾期违约金。

（二）不按合同规定拨付工程款，按银行有关逾期付款办法或“工程价款结算办法”的有关规定处理。

（三）工程未经验收，发包人提前使用或擅自动用，由此而发生的质量或其他问题，由发包人承担责任。

（四）未能按照承包合同的规定履行自己应负的责任，除竣工日期得以顺延外，还应赔偿承包人因此发生的实际损失。

（五）工程中途停建、缓建或由于设计变更以及设计错误造成的返工，应采取措施弥补或减少损失，同时，赔偿承包人由此而造成的停工、窝工、返工、倒运、人员和机械设备调迁、材料的构件积压的实际损失。