检察院两次退侦之后，应当作出不起诉决定。根据《刑事诉讼法》的规定，人民检察院在办理审查起诉案件时，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查。补充侦查以二次为限，每次不超过一个月。对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。因此，对于第一次补充侦查起诉的案件，如果侦查机关无法提供更多证据的，可以选择撤案。对于第二次补充侦查的案件，检察机关不能再退回公安机关，应该做出起诉或不起诉的决定。

《刑事诉讼法》第一百七十一条：人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

《刑事诉讼法》第156条规定：下列案件在本法第一百五十四条规定的期限届满不能侦查终结的，经省、自治区、直辖市人民检察院批准或者决定，可以延长二个月：

(一)交通十分不便的边远地区的重大复杂案件；

(二)重大的犯罪集团案件；

(三)流窜作案的重大复杂案件；

(四)犯罪涉及面广，取证困难的重大复杂案件。

一、法定不起诉的情形有哪些？

法定不起诉的情形根据刑事诉讼法的规定，法定不起诉适用的情形主要有以下几个方面：

1、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；

2、犯罪已过追诉时效期限的；

3、经特赦令免除刑罚的；

4、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；

5、犯罪嫌疑人、被告人死亡的；

6、其他法律规定免予追究刑事责任的。

也就是说，一起案件绝不可能被检察院第3次退侦，第2次退回侦查之后，人民检察院或者是起诉或者是直接作出不起诉的决定。不管当前的这起刑事案件案情有多么的复杂，退回侦查的次数是不可以延长的。证据不足的情况下只能是存疑不起诉，公安机关对这种结果就需要检讨自己的侦查工作了。