公司不承认股东享有股权可以依法向人民法院提起诉讼。股东应当以公司为被告，与案件争议股权有利害关系的人作为第三人。股东应当提供证据证明已经依法向公司出资，或者通过合法方式继受公司股权。

一、公司股权纠纷案件怎么处理

公司股权纠纷案件一般会按照实际情况来处理。1、股权转让双方之间的纠纷。这类纠纷应列合同的相对人为被告，涉及到公司利益的，要列公司作为第三人；2、涉及其他股东优先购买权的诉讼纠纷。要列出让股权的股东为被告，公司作为第三人，涉及其他的股东利益，一并追加作为第三人。

二、公司法转让股权转让的规定

股权转让，是公司股东依法将自己的股东权益有偿转让给他人，使他人取得股权的民事法律行为。

有限责任公司股东转让出资的方式有两种：

一是股东将股权转让给其它现有的股东，即公司内部的股权转让；

二是股东将其股权转让给现有股东以外的其它投资者，即公司外部的股权转让。

（1）内部转股：出资股东之间依法相互转让其出资额，属于股东之间的内部行为，可依据公司法的有关规定，变更公司章程、股东名册及出资证明书等即可发生法律效力。一旦股东之间发生权益之争，可以以此作为准据。

（2）向第三人转股：股东向股东以外的第三人转让出资时，属于对公司外部的转让行为，除依上述规定变更公司章程、股东名册以及相关文件外，还须向工商行政管理机关变更登记。

三、股东对外转让股权的规定

关于有限公司股权对外转让，规定有如下：１）有约定按约定：公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。２）没有约定，就按法定：股东向股东之外的人转让股权，应当经“其他股东过半数”同意。股东向股东之内的人转让股权无需经过股东会作出决议。股东表示同意转让的方式也有：明确表示同意。其他股东自接到书面通知之日起满３０日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。３）股东享有优先购买权。经股东同意转让股权的，在同等条件下，其他股东有优先购买权；两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。