南京劳动仲裁程序包括一下几个方面：

1．用人单位和劳动者发生以下劳动争议可以申请劳动仲裁：

（一）因确认劳动关系发生的争议

（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议

（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议

（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议

（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议

（六）法律、法规规定的其他劳动争议。

2．用人单位、劳动者及与该劳动争议案件的处理结果有密切关系的第三人，为劳动争议案件的当事人。申请劳动仲裁的一方为申诉人，另一方为被诉人。

3．申诉人应当自劳动者争议发生之日起六十日内向仲裁委提出书面申请。

4．申请劳动仲裁应当提交以下材料：

（一）《仲裁申请书》。申请人应当按照规定如实准确填写《仲裁申请书》，《仲裁申请书》一式三份，其中两份由申请人本人或其委托代理人提交仲裁委，一份由申请人留存

（二）身份证明。申请人是劳动者的，提交本人身份证明的原件及复印件：申请人是用人单位的，提交本单位营业执照副本及复印件、本单位法定代表人身份证明、委托代理人身份证明、授权委托书等

（三）能够证明与被申请人之间存在劳动关系的有关材料，如劳动合同（聘用合同或协议）、解除或终止合同通知书、工资单（条）、社会保险缴费证明等材料及复印件；

（四）申请人在申请劳动仲裁时，仲裁委根据立案审查的需要，要求申请人提交能够证明被诉人身份的有关材料的，申请人应当提交。如被申请人是用人单位的，应当提交其工商注册登记相关情况的证明（包括单位名称、法定代表人、住所地、经营地等情况）；如被申请人是劳动者的，应当提交其本人户口所在地、现居住地地址、联系电话等。

5．仲裁委自收到《仲裁申请书》之日起五日内作出受理或不受理的决定，并送达当事人。

决定受理的案件，自接到通知后三日内到仲裁委领取《案件受理通知书》，办理受理手续。决定不予受理的案件，仲裁委向申请人送达《不予受理通知书》。

6．经仲裁委批准决定受理的案件，当事人在规定的举证期限内举证，超过举证期的，视为放弃举证权利。