一、国内法关于香港股权转让税率的规定

依据《企业所得税条例》规定：权益性投资资产转让所得来源地按照被投资企业所在地确定。同时，国税发2009年3号文也明确规定非居民企业（香港公司）取得来源于中国境内的股息红利、财产转让等收益，需由负有支付相关款项义务的单位或者个人代扣代缴企业所得税，因此香港公司在转让其所持内地子公司股权时需要在内地纳税。同时，国税发2009年698号文也对非居民企业（香港公司）转让内地公司股权做出了进一步的说明，文件明确规定相关企业负有代扣代缴义务，如果没有代扣代缴义务人则由香港公司委托代理人缴纳企业所得税。

二、税收协定关于香港股权转让税率的规定

关于财产转让所得根据《香港与内地税收协定》第十三条规定：转让股份取得的收益，而该项股份相当于一方居民公司至少25%的股权，可以在该一方征税。此处表明：香港公司在转让内地子公司股权时，如果香港公司持内地子公司股权份额超过25%，则可以在子公司所在地纳税。

同时，根据国税函2007年403号文的规定：如香港居民曾经拥有内地公司25%以上的股份，当其将该项股份全部或部分转让并取得收益时，内地拥有征税权。而在最新的《内地与香港税收协定第二议定书》中对曾经进行了说明，即香港公司在转让股权前12个月内，有过直接或者间接的持有过内地公司超过25%的股权，则在其全部或者部分转让该股权时，内地有征税权。也就是说，如果其持股未超过25%的，内地不具有征税权。

从上可以看出，税收协定和国内法律对同一行为的规定发生冲突，但是根据国际法效力大于国内法的规定，我们可以选择按照税收协定申请取得相关优惠。

但是，根据国税发2009年124号文规定，如果企业需要享受税收协定优惠，则需要按照该文件进行申请，需取得税务机关同意以后才能享受相关税收协定优惠。这样，对于非居民企业（香港公司）是否征收，权利最终还是掌握在境内税务机关手中。我们咨询了相关税务机关，目前各地税务机关针对非居民企业（香港公司）股权转让所得基本都在国内进行了征税，更有甚者被税务机关要求重新核定股权转让价格而补税。