一、已经被起诉的公司能否申请注销？

在公司涉及的债权债务关系还在法院诉讼期间，若公司进行注销登记，则无法保证对该案所涉及的债权债务关系进行合理的清算和处理。债权人无法及时依法参与到债权分配中，直接导致债权人的权益难以实现。此外，由于诉讼期间公司被注销登记导致其丧失独立法人资格，即无法作为合法的诉讼主体参与到诉讼中，因此将面临诉讼主体变更问题。此时，该公司的原股东将可能被追加成为案件的当事人，甚至最终承担相应的股东责任。

因此，公司在诉讼过程中不宜进行注销登记，这样既不利于债权人权益的保护，也影响公司的合理清算及股东有限责任的承担。依法合理地进行公司清算，全面彻底地处理公司债权债务后再进行注销登记才是最佳的公司退出市场方式。

通过上面的这些解答，我们可以知道，为了保护各方面的权益、方便后续清算以及股东责任的承担，公司在诉讼过程中，在参与官司时，最好不要进行注销登记。

法律依据：

《中华人民共和国公司法》第一百八十六条

清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。

公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。

清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。公司财产在未依照前款规定清偿前，不得分配给股东。

二、公司解散原因是什么？

《中华人民共和国公司法》第一百八十条【公司解散原因】公司因下列原因解散：

1、公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现；

2、股东会或者股东大会决议解散；

3、因公司合并或者分立需要解散；

4、依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；

5、人民法院依照本法第一百八十二条的规定予以解散。

三、企业注销后的债务怎么办？

公司注销，无论是破产后注销，还是非破产注销，都必须通过工商部门，而这个流程当中：

1、需要税务部门完税凭证。

2、需要到银行办理销户。

3、工商和税务部门肯定要对企业账目进行核查（就是查账）。

根据《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：

1、破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；

2、破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；

3、普通破产债权。破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。

破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。

《中华人民共和国公司法》（2018修正）：第十章　公司解散和清算　　第一百八十条　公司因下列原因解散：\n（一）公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现；\n（二）股东会或者股东大会决议解散；\n（三）因公司合并或者分立需要解散；\n（四）依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；\n（五）人民法院依照本法第一百八十二条的规定予以解散。