依据我国公司法司法解释的规定，进行了事实出资后未签订股权代持协议的，可以通过诉讼的方式解决，被告股东应当就其已履行出资义务承担举证责任。

相关法律规定

《最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定

(三)》

第二十条当事人之间对是否已履行出资义务发生争议，原告提供对股东履行出资义务产生合理怀疑证据的，被告股东应当就其已履行出资义务承担举证责任。

第二十一条当事人向人民法院起诉请求确认其股东资格的，应当以公司为被告，与案件争议股权有利害关系的人作为第三人参加诉讼。

第二十二条当事人之间对股权归属发生争议，一方请求人民法院确认其享有股权的，应当证明以下事实之一：

(一)已经依法向公司出资或者认缴出资，且不违反法律法规强制性规定;

(二)已经受让或者以其他形式继受公司股权，且不违反法律法规强制性规定。

股权转让时股东资格如何确认

通过与公司股东签订股权转让合同并办理股权交付和登记手续，也是当事人取得股东资格的一种方式。对于因股权转让人或股权受让人的股东资格发生的争议，应坚持以股东变更登记为基本标准，尊重股权实际转让事实的原则。

1)公司对股权转让有审核是否合乎公司法及公司章程规定的权利，而公司办理变更登记可视为公司对股权转让和受让人股东资格的确认，对公司及其股东均有约束力。

2)若受让人已事实上承受了转让方的出资额，实际上已参与公司的经营管理，行使股东的权利并承担相应义务，但公司未办理股东变更登记手续，应该尊重事实，尊重实际已存在的法律关系，认定受让人具有股东资格，并责令公司将受让人记载于股东名册。

3)办理工商变更登记手续，属于行政管理行为，仅是对当事人已经发生的股权转让事实加以确认，是否进行工商变更登记不影响受让人股东资格的取得。但公司以外的第三人根据工商登记确定股东的，公司以及股权转让人和受让人不能对抗第三人。

4)若股权转让合同约定以办理完毕工商和(或)股东名册变更登记手续为股权转让生效条件的，未办理完毕工商和(或)股东名册变更登记手续之前，股权的转让不发生法律效力，仍应认定转让人为公司股东。