农村宅基地房屋动迁补偿纠纷的处理是：

1、是争房屋经土改登记，未经农村宅基地使用权登记及未新建、翻建、改扩建的，以土改时登记的权利人为房屋的权利人；

2、是争房屋经土改登记及农村宅基地使用权登记，未进行新建、翻建、改扩建的，以土改登记及农村宅基地使用权证核定人员为房屋的权利人；

3、是争房屋虽经土改登记，但在宅基地使用权登记前后新建、翻建、改扩建的，以农村建房用地审批文件和农村宅基地使用权证核定人员为房屋的权利人。

一、集体土地自建房有房产证吗

有的。农村集体土地自建房是可以去办理房产证的。办理农村宅基地房产证，由屋主本人拿着土地使用证，身份证原价及复印件到房管局大厅窗口办理，一般需要以下证件：登记申请书；申请人的身份证明；宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；申请登记房屋符合城乡规划的证明；房屋测绘报告或者村民住房平面图。

二、1992年的宅基地确权程序

1、由宅基地的使用权人，也就是现在在使用宅基地的人，领取由当地的土地管理部门印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，这个是一家的一个宅基地只能填写一份，这就意味着，如果有两个以上宅基地的农民只能确权一处宅基地。

第二、村民使用的宅基地还要当地村委会或者镇政府出具土地来源的证明，比如宅基地的审批手续，房屋的规划许可证等手续。第三、当地的国土部门根据农民的申请，对农民自有的宅基地范围、界线、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，为地籍测量作准备。村里最近常见的测量队，他们主要负责对农民的宅基地界定位置。第四、测量过程中，还要组织这块地的相邻地块的农民一起去现场指认各自界限，并且在双方都认可的界限、界址点共同签名盖章。第五、测量完毕，经土地主管部门审核，认为界限清楚没有争议的进行公告。并写明如谁对这块宅基地有异议的要在多久提出。第六、经过公告，而且没有人提出异议的宅基地，在公告期满后，由当地县政府签发农村宅基地使用权证。至此，农民才算是拿到了宅基地使用权证，这块宅基地才能算是农民所有的。