海关保护知识产权主要分为依申请保护和依职权保护两种模式，两种模式存在着较大的差异。

(一)依申请保护

依申请保护，是指海关对根据知识产权权利人的申请发现的侵权嫌疑货物予以扣留的措施。依申请保护有以下特征：

(1)知识产权权利人发现侵权嫌疑货物后可以直接向口岸海关申请扣留，不必事先将其知识产权向海关总署备案;

(2)海关不负责对侵权嫌疑货物的进出境进行监控;

(3)知识产权权利人应当向海关提供相当于侵权嫌疑货物价值的担保;

(3)海关无权对货物的侵权状况进行调查。海关扣留侵权嫌疑货物后，知识产权权利人应当向人民法院申请司法扣押。如果人民法院未能在海关扣留货物后20个工作日内通知海关协助扣押，海关应当放行被扣留的货物。

可见，依申请保护模式与世界贸易组织《与贸易有关的知识产权协议》中关于海关中止放行的规定基本一致。由于在依申请保护模式下，海关不会主动采取制止侵权货物进出口的措施，所以，依申请保护模式也被称作“被动保护”模式。

(二)依职权保护

依职权保护，是指海关在对进出口货物的监管过程中，对其发现的侵犯知识产权的进出口货物主动采取的扣留和调查处理的措施。“依职权”一词来源于《与贸易有关的知识产权协议》中的拉丁文ex-officio。依据职权保护有以下特征：

(1)知识产权权利人应当事先将其知识产权向海关总署备案;

(2)海关发现涉嫌侵犯备案知识产权的进出口货物，应当中止放行，并书面通知有关知识产权权利人;

(3)知识产权权利人要求海关扣留侵权嫌疑货物的，应当在3个工作日内提出申请;

(4)知识产权权利人向海关提供的担保最高不超过人民币10万元;

(5)海关有权对货物的侵权状况进行调查和认定;对不能认定货物侵权状况的，海关应当通知知识产权权利人向人民法院申请司法扣押;

(6)海关对其认定侵权的货物，有权予以没收并对侵权货物的收发货人给予行政处罚。对构成犯罪的还应当向公安机关移送;

(7)对没收的侵权货物，海关有权依法进行处置。

在依职权保护模式下，海关有权主动采取制止侵权货物进出口的措施，所以，依职权保护模式也被称作“被动保护”模式。