1、法定性不一样。

公司章程依法是必须制定的；而股东合伙协议则法律没有要求股东必须签署，在法律规定的范围内，股东合伙协议是可有可无的。

2、约束的对象不同。

股东合伙协议主要是对签署协议的各方股东有约束力；而章程则是对公司、股东监事、高级管理人员具有约束力。

3、隐私保护程度不同。

股东合伙协议不需要公开，也不需要到公司登记部门备案，仅仅是在股东之间保存即可，具有较强的隐私性；但在公司章程里备案的股东姓名、名称及在公司登记部门登记的股东姓名、名称可以不是真实的投资者。

4、约定的内容不一样。

公司章程主要的内容是应当载明下列事项：公司名称和住所；公司经营范围；公司注册资本；股东的姓名、名称；公司法定代表人等等。合伙协议的内容主要就是针对股东如何设立公司、设立公司的主营范围、公司经营期限、股东如何分红等事情。

股权协议与公司章程

赵、钱、孙三位年轻人成功设立一家公司，他们准备一开始就在公司实行股权激励政策，给公司的创始员工提供股权激励。例如，员工每工作一年，就可以获得公司一定的股权。为此，他们找了一些人进行咨询，但得到的答复都不一样。有的说，这个事情要写在公司章程里面；有的说，这个事情由公司与员工签订协议就行了；有的说，这个事情需要公司及全体股东与员工签订股权协议，不用写在章程里面。

究竟哪一种回答是准确的呢？

解析：现实中，原始股东设立公司时，往往会签署股东协议，对出资、分红、设立过程中的费用、公司运营管理做出约定，甚至还有可能涉及股权激励、代持股权、股权转让。这些内容与公司章程规定的内容有很多重合之处。

对于公司及股东，股东协议都是很重要的法律文件。然而，公司正式设立时要向国家机关提交的文件中，并不涉及股东协议（中外合资、合作企业除外，此外，《公司法》中并没有股东协议这一名称）。于是，股东协议与公司章程之间的关系就成了有争议的问题。中国大陆的公司往往公司章程抄工商局的范本，千篇一律，再将股权代持、干股、分红、股权转让、回购、股权激励等个性化的东西放到股东协议里。这是现行的作法，但未必是最好的作法。我们的建议是：

1．公司章程与股东协议尽可能一致。如果先签署股东协议，则应该在法律许可的范围内将其落实到公司章程中去。

2．股东不愿意对外透露的内容可以考虑放在股东协议里。公司章程具有一定的公开性，大部分地区至少允许律师查阅，但股东协议并不需要对外披露。

3．部分股东签署的涉及股权安排（股权激励、股权转让、股权回购）的协议同样有效。但要注意的是，由于股东对外出售股权时，现有股东有优先购买权（有限责任公司为了限制外人变成公司的股东），因此，凡是涉及公司章程以外的人成为（或可能成为）股东时，都需要公司的全体股东表决同意或放弃优先购买权，否则可能导致无法办理股权过户。

4．股东协议可以实现更灵活的安排：无需工商局登记，随时协商变更；不仅适用于股东之间，也适用于股东与公司、股东与非股东之间，可以通过变通的方式对干股、技术股、期权、股权回购进行有效的安排，可以约定违约责任。

因此，凡是涉及《公司法》没有明确规定公司章程有权处理的事项时，最好（也只能）通过股东协议来处理。

具体到股权激励，一般的作法是，公司章程里面只规定股权激励的大致安排，由股东协议进行具体安排，协议中可将详细的股权激励计划作为附件列出。

《公司法》第十一条，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。