一、对方账务不清如何处理合伙包工程的纠纷

1．争取协商，能够协商处理是最好的，既不伤和气，又节约成本，也许还能继续合作。即使现在暂时散伙，以后也还还有合伙的机会，闹得不相往来是不好的。

2．保留证据，为了维护自己的合法利益，要记住保留相关证据，比如合同、收据、发票等。以后进行谈判，或者通过其它方式处理，证据是很重要的。

3．他人调解，如果合伙各方协商不成，通过其他人的调解也许能很好地解决问题。因为处于中立地位的第三人调解，大家都会比较信任，也能减轻各方针锋相对的火气。

4．法律途径，如果其它方式不能解决纠纷，那么通过法律途径能公平合理地进行解决。可以约定通过仲裁或者法院诉讼的方式进行纠纷的解决。如果进行仲裁，仲裁机构要约定明确。如果进行法院诉讼，由被告住所地或者合同履行地法院管辖。

二、合伙包工程纠纷起诉时效

合伙包工程纠纷起诉时效是三年，自纠纷产生之日起计算。法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条

【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

三、合伙包工程纠纷起诉的费用由谁承担

合伙包工程纠纷起诉的费用由原告先行支付，最终由败诉方负担。

根据《诉讼费用交纳办法》的有关规定，案件受理费由原告预交。诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。共同诉讼当事人败诉的，人民法院根据其对诉讼标的的利害关系，决定当事人各自负担的诉讼费用数额。

《中华人民共和国民法典》：第九章　诉讼时效　　第一百八十八条　向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。\n　　诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。