但与此同时，土地管理法在颁布实施过程中仍存在许多问题有待完善。2004年8月，第十届全国人民代表大会常务委员会第十一次会议通过了《关于修改〈中华人民共和国土地管理法〉的决定》第二修正案，进一步完善了有关规定，总体立法存在滞后性，特别是对批准的界定而地方国土部门的监管职能，耕地数量严重下降，监管不力。土地管理法颁布实施过程中存在哪些问题？如何改进？

首先，地方政府是区域土地的管理者和审查者，也是土地征用的使用者和申请人，导致土地审批、随意审批、占用耕地过程中的监管制度存在严重缺陷，但同时，他们拥有完备的土地使用权，地方政府的审批程序层出不穷。现行《土地管理法》对区域土地管理部门的经营权没有明确的界定。国土资源管理部门隶属于政府。干部任用由地方领导说了算。国土资源管理部门不能对同级政府的征地、用地进行监督，也不可能查处政府的违法行为。司法机关管理范围广、范围广，对政府征地行为的监督不够（杨高玲、朱玉碧，2005）。只有把立法和监管放在同一个位置，建立一整套自上而下的土地监管机制，才能规范各级管理部门的行为。第二，《土地管理法》第三十一条指出：“国家实行占用耕地补偿制度。经批准非农业建设占用耕地的，由占用耕地的单位按照“占多垦少”的原则，负责开垦相当于占用耕地数量和质量的耕地；耕地不能复垦或者不符合要求的，由单位按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地复垦费，专项资金用于复垦新增耕地。”即“占一补一”原则。在现实中，我们可以肯定，“占一补一”原则的直接后果是占用优质耕地，粮食产量绝对下降。由于土地肥力与区域质量存在较大差距，优质耕地的开发已经足够深入。如果只按数量来衡量占用耕地的补偿，特别是其他地方的补偿，耕地的补偿基本可以确定，单位面积土地的产量高应该比原来的耕地少。如果是公益性开发，原则上可以考虑“占一补一”，但如果采用相同的补偿标准，则属于非公益性开发，特别是商业开发，如房地产开发、高尔夫球场建设、商务区建设等，开发商在利益驱动下，很容易形成不可抗拒、无法弥补的优质耕地占用。目前，我国耕地数量严重下降，人均占有量和总规模均落后于世界100。作为一个人口大国和农业大国，耕地的异常减少是一个非常危险的信号，直接关系到我国的粮食问题和国防安全。面对我国土地资源稀缺的现状，更为严厉的土地征收政策和法律应该尽快实施，应该尽快颁布实施。第三，《土地管理法》第四十七条规定，“被征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。耕地征用补偿包括土地补偿、安置补助、地上附着物和苗木补偿。耕地征用补偿费为耕地征用前三年平均年产值的六至十倍；安置补助标准为耕地征用前三年平均年产值的四至六倍。但被征收耕地每公顷最高安置补助标准不得超过征用前三年平均年产值的15倍。土地补偿和安置补助的总和不得超过征地前三年平均年产值的30倍。”问题是，因耕地流失造成的生产损失，难以按照上述补偿标准的最高补偿金额及时补偿农民，使失地农民难以维持原有的农业收入。特别是在“政府定价”和“协调定价”中，没有规定用哪一个标准来估算房屋的价值，农民应该得到的补偿就大大减少了。据浙江省有关部门测算，按照目前杭州市城镇居民最低生活保障标准每人每月300元计算，现行的合法征地补偿标准只够农民维持8年的生活；如果他们参加社会保险，就不是保险费用的一半（李培军，2004）。补偿的初衷是维持农民原有的生活水平，但随着社会经济生活的发展，农民的收入也在不断增加。以目前的静态标准来估计未来的动态寿命，并不是一种发展和进步的策略。