《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发［2003］17号）以及《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函［2009］617号）的规定，增值税一般纳税人取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，应当在法定期限内到税务机关申请认证后才可以抵扣增值税进项税额。若增值税专用发票超过认证抵扣期限，则纳税人将承担过重的税收负担，造成税负不公。尽管《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国税［2011］第50号）规定了一些超期可以抵扣的情形，但仍不能囊括现实中全部应予抵扣的情形。

案例中，增值税一般纳税人A公司依法申请适用简易征收增值税。税务机关办理了备案手续，但却在4年后认定A公司生产的产品不符合增值税简易征收的范围，应按照17％的税率征收增值税。A公司在适用增值税简易征收办法期间未从上游企业取得全部增值税专用发票，且已取得的专用发票也已经超过认证抵扣期限，企业的增值税税负率将高达17％。

将增值税征收方式由简易征收改为按税率征收的，是否应当考虑允许其抵扣增值税进项税额？律师将以本案为例进行剖析，供各位参考。

一、案情简介

A医药有限责任公司（以下简称“A公司”）是一家药品生产企业，成立于1993年11月22日，注册地位于海南省B市F区，公司的经营范围为：研制、生产和销售医疗器械、医用显像剂、核素药物、生化制剂及相关产品的售后服务。1995年2月1日F区国税局认定A公司为增值税一般纳税人。

2011年5月28日，A公司向F区国税局第三税务所提交了《A公司选择简易办法计算缴纳增值税申请书》，申请按照《财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税［2009］9号）第二条第三款第四项的规定对其生产的某生物制品注射液等产品销售适用简易办法依照6％征收率计算缴纳增值税。F区国税局第三税务所受理并同意了A公司的备案申请。2011年6月至2014年9月期间，A公司对其生产的药品均按照6％的征收率申报缴纳增值税。

2014年9月，F区国税局直属三分局经纳税评估，确认A公司为税务稽查对象。2014年10月16日，F区国税局向A公司送达了《B市F区国税局稽查局税务检查通知书》，全面稽查A公司2011年6月1日至2014年9月30日的增值税缴纳情况。

2014年12月10日，F区国税局稽查局向A公司下达《税务处理决定书》，认为A公司存在违规适用按照6％税率简易征收增值税的税收优惠政策，要求A公司按照17％的增值税税率补缴自2011年6月至2014年9月期间的增值税税款5，880，765．45元。

由于A公司在适用增值税简易征收期间，未从上游企业取得全部增值税专用发票，已取得的专用发票合计税额仅也已经超过认证抵扣期限，无法抵扣。A公司认为其承担的税收负担过重，不服《税务处理决定书》。

二、观点

（一）取消对A公司的增值税简易征收，A公司无过错

行政行为成立便对行政主体和行政相对方产生法律上的效力。行政行为具有确定力，是指有效成立的行政行为，具有不可变更性，即非依法不得随意变更或撤销和不可争辩力。行政主体非依法定理由和程序，不得随意改变其行为内容，或就同一事项重新作出行为。2009年2月28日，A公司已按照法律规定的条件和程序提交《选择简易办法申请书》，经主管税务所审查，完成选择适用增值税简易征收办法的备案手续。A公司提交申请后的长达4年2个月的期间内，税务机关均未对A公司采用简易办法缴纳增值税提出任何异议。该具体行政行为已经作出，即具有确定力，行政相对方A公司对该行政行为也产生信赖利益。税务机关在原具体行政行为作出超过4后改变原具体行政行为，一来损害了行政行为的确定力，二来未及时履行告知义务，导致A公司一直按照6％的征收率申报缴纳增值税，大部分成本未取得增值税抵扣凭证，也未申请认证抵扣增值税进项税额。

对于2011年6月至2014年9月期间取得的进项增值税专用发票过期未抵扣，是由于税务机关原因造成，A公司主观上并无过错。A公司仅应承担《增值税暂行条例》规定的按税率缴纳增值税的税收负担。

（二）不允许A公司抵扣进项税额，处理结果不公平

A公司成立以来连年亏损，仅近年来开始出现微薄盈利。若依据税务机关作出的《税务处理决定书》补缴税款后，实际承担的税负率为17％，远高于同行业的平均税负率9％，与A公司的经济状况明显不适当。扣除后A公司已取得增值税抵扣凭证所载进项税额后，A公司的实际税负率为14．0％，同样高于行业平均税负率，不会造成国家税款流失。

项目

计算口径含税销售额

（元）增值税销项税额

（元）增值税进项税额

（元）应缴增值税额

（元）补缴增值税额

（元）税负率

按《税务处理决定书》78，964，369．8811，473，455．45011，473，455．455，880，765．4517

扣除已有增值税抵扣凭证所载税额2，050，889．999，422，565．463，829，875．4614．0

按行业平均税负率5，399，273．156，074，182．301，411，887．719

因此，税务机关作出的《税务处理决定书》使A公司在无过错的情况下，承担了过重的税收负担，违背税收公平原则，应允许A公司抵扣已取得的增值税抵扣凭证。

（三）改变对A公司增值税征管方式，不应影响A公司抵扣进项税额的权利

按简易办法和按税率征收增值税是增值税征收管理的两种方式。按税率征收增值税是综合考虑纳税人的收入和成本，按照销项税额减除进项税额后的余额确定纳税人应纳税额的税款征收方式。增值税简易征收办法是对无法或不适合按照进销项的方法核算增值税应纳税额的增值税一般纳税人采取的按照简易征收率征收增值税的税款征收办法。增值税简易征收办法的宗旨在于平衡税负，便于税收征管。

A公司自产微生物制成的生物制品，生产成本难以取得增值税专用发票，按照销项减进项的征收方式征收增值税税率过高。因此，《关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税［2009］9号）第二条规定，一般纳税人销售自产的用微生物制成的生物制品，可选择按照简易办法依照6％征收率计算缴纳增值税。2011年5月28日，A公司向税务机关提交了《A公司选择简易办法计算缴纳增值税申请书》，税务机关经审核后，同意对A公司按照6％的征收率进行简易征收。

本案中，税务机关后经税务稽查，认为A公司存在违规适用按照6％征收率简易征收增值税的税收优惠政策，要求对A公司按照增值税税率计征税款，是变更对A公司的增值税征管方式。对A公司按照17％的增值税税率计征增值税，应当综合考虑纳税人的销项税额和进项税额，按照增值税销项减进项的征税方法，允许A公司抵扣增值税进项税额。

（四）A公司取得的增值税抵扣凭证已过期不应构成抵扣税款的障碍

根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发［2003］17号）以及《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函［2009］617号）的规定，增值税一般纳税人取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，应当在法定期限内到税务机关申请认证比对后才可以抵扣增值税进项税额。但也规定了例外，《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国税［2011］第50号）第一条规定，对增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，经主管税务机关审核、逐级上报，由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。可见，规定增值税认证抵扣期限的目的在于促使纳税人尽早行使权利、抵扣税款，是出于税收征管方便的考虑，并非否定纳税人抵扣增值税进项税额的权利。本案中，A公司取得的增值税抵扣凭证超过认证抵扣期限不是出于A公司自身的原因，A公司不存在怠于行使权利的情形。因此，超期不应成为阻碍A公司认证抵扣的障碍。

另外，《增值税暂行条例》第四条规定，……纳税人销售货物或者提供应税劳务，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额。《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发［2003］17号）以及《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函［2009］617号）作为部门规章和内部规范性文件，在法律价位上明显低于《增值税暂行条例》，其规定增值税专用发票超期不得抵扣与《增值税暂行条例》的规定向冲突，不应当成为妨碍本案中申请人抵扣增值税进项税额的法律依据。

三、总结

根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（国税发［2003］17号）以及《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函［2009］617号）的规定，增值税一般纳税人取得增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，应当在法定期限内到税务机关申请认证比对后才可以抵扣增值税进项税额。但是，实践中不可片面理解适用这一规定。纳税人不存在过错的情况下，不应因这一规定增加纳税人的税收负担。不仅如此，税务机关取消A公司的增值税简易征收，仅是对A公司税收征管方式的改变，不应影响A公司的纳税义务。本案中，税务机关取消对A公司的增值税简易征收，改变对A公司的增值税征管方式，并非由于A公司的过错。A公司仅应在《增值税暂行条例》规定的范围内承担纳税义务，否则将违背税收公平原则。应允许A公司抵扣在采用增值税简易征收办法期间已取得的增值税抵扣凭证所载进项税额。