1、人民法院对公诉案件进行审查后，应当按照下列情形分别处理：

(1)不属于本院管辖的，应当退回人民检察院；

(2)属于刑事诉讼法第十六条第二项至第六项规定情形的，应当退回人民检察院；属于告诉才处理的案件，应当同时告知被害人有权提起自诉；

(3)被告人不在案的，应当退回人民检察院；但是，对人民检察院按照缺席审判程序提起公诉的，应当依照本解释第二十四章的规定作出处理；

(4)不符合前条第二项至第九项规定之一，需要补充材料的，应当通知人民检察院在三日以内补送；

(5)依照刑事诉讼法第二百条第三项规定宣告被告人无罪后，人民检察院根据新的事实、证据重新起诉的，应当依法受理；

(6)依照本解释第二百九十六条规定裁定准许撤诉的案件，没有新的影响定罪量刑的事实、证据，重新起诉的，应当退回人民检察院；

(7)被告人真实身份不明，但符合刑事诉讼法第一百六十条第二款规定的，应当依法受理。

2、法律依据：《最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释》第二百一十九条

一、公诉案件起诉程序是怎样的

1、公安机关、检察机关自侦部门对案件侦查终结后，应当移送人民检察院审查起诉。

2、人民检察院案件管理部门受理案件时，需对案件进行形式审查，卷宗材料、法律文书齐备的，及时移送公诉部门。

3、公诉科受理案件后，需对案件进行程序审查：没有管辖权的，应当及时退回案件管理部门。

4、公诉科受理案件后，应当在3日内告知被告人有权委托辩护人，告知被害人(或其近亲属)有权委托诉讼代理人。

5、公诉科受理案件后，应当在一个月内审查完毕，经批准，可以延长审查起诉期限15天。对犯罪嫌疑人作精神病鉴定的期间，不计入审查起诉期限。

6、公诉科审查案件时，应当讯问犯罪嫌疑人，并查明：

(1)犯罪事实、情节是否清楚，证据是否确实、充分，犯罪性质和罪名的认定是否确；

(2)有无遗漏罪行和其他应当追究刑事责任的人；

(3)是否属于不应当追究刑事责任的；

(4)有无附带民事诉讼；

(5)侦查活动是否合法。

7、公诉科审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，公安机关应当在一个月内侦查完毕。补充侦查完毕重新移送人民检察院的，人民检察院重新计算审查起诉期限。补充侦查以两次为限。

8、公诉科审查案件过程中，可以听取案件双方当事人对案件处理的意见和诉求。犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪并通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解，并且符合《刑事诉讼法》第277条规定的，人民检察院可以组织、协调双方进行和解。

9、人民检察院审查案件，应当作出起诉或者不起诉决定。

经审查认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，并按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉，并将案卷材料、证据移送人民法院。

11、人民法院决定开庭审理的案件，人民检察院应当出庭支持公诉。

12、收到人民法院判决书后，承办检察官应当认真审查判决书。对确有错误的判决，应当在10日内，按照刑事案件审查的内部审批程序，逐级提交至检委会研究决定是否抗诉。检委会决定抗诉的，承办检察官应当及时制作抗诉书，并送达人民法院。决定不抗诉的，应当整理并装订卷宗，及时归档。