代扣代缴个人所得税是行政法规税法规定的义务。法院属于司法执法。不是行政执法。法院判企业支付工资，企业执行司法程序按判决书支付工资。同时企业又必须执行税务行政法规，支付工资时代扣个人所得税。这是企业执行必须执行的两个法。即执行司法法规和执行行政法规。

一、个人独资企业扣除员工工资的合法依据是什么

1、扣除员工工资的合法依据跟企业的类型毫无关系，如果企业没有任何正当理由违法克扣员工工资，员工可以向企业所在地的劳动行政主管部门投诉，也可以申请劳动仲裁；

2、法律依据：《工资支付暂行规定》第十五条用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

(一)用人单位代扣代缴的个人所得税；

(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；

(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；

(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

二、盈余公积转增资本是否缴纳个人所得税

盈余公积转增资本需要缴纳20％的个人所得税。因为根据《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》国税发［1997］198号，股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。需要注意的是，根据《国家税务总局关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》国税函［1998］第289号

，198号文中所说的资本公积金是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金。将此转增股本由个人取得的数额，不作为应税所得征收个人所得税。而与此不相符合的其他资本公积金分配个人所得部分，应当依法征收个人所得税。因此，除资本溢价外，其他的如接受现金捐赠、拨款转入、外币资本折算差额、其他资本公积转增资本时应当按利息、股息、红利所得项目计征个人所得税。

法律依据：

《中华人民共和国税收征收管理法》第十五条

企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。

税务机关应当于收到申报的当日办理登记并发给税务登记证件。工商行政管理机关应当将办理登记注册、核发营业执照的情况，定期向税务机关通报。

第二十五条

纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表。

行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。

第二十六条

纳税人、扣缴义务人可以直接到税务机关办理纳税申报或者报送代扣代缴、代收代缴税款报告表，也可以按照规定采取邮寄、数据电文或者其他方式办理上述申报、报送事项。

三、劳动法对员工的罚款有规定吗

一、新劳动法中没有企业罚款的规定，不超过工资的20%是指劳动者因为本人原因造成用人单位损失，用人单位可以从工资中扣除应当赔偿部分，每月扣除额度不超过20%。

二、依据《劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行条例》第十五条规定，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：(一)用人单位代扣代缴的个人所得税；(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。