1.非居民企业不得享受加计扣除的优惠政策。《企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)》第二条规定，本办法适用于财务核算健全并能准确归集研究开发费用的居民企业。因此，非居民企业纳税人发生的研究开发费用不得享受加计扣除的优惠政策。

2.超过5年的研发费用不再继续加计扣除。企业所得税法第十八条规定，企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。企业所得税实施条例第十条规定，企业所得税法第5条所称亏损，是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。由此可见，企业不论当期是否亏损，都应当按实际发生的研究开发费用依法加计扣除。研究开发费用加计扣除后如果当期的应纳税所得额小于零，可以用以后年度实现的所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。

3.不征税收入的专项拨款不得加计扣除。有些企业会取得相关政府部门拨付的财政资金，如果收到的财政拨款已经作为不征税收入核算，那么其发生的费用均不得作为研发费用享受加计扣除的税收优惠，也不得作为费用在企业所得税前扣除。

4.非创造性运用科技新知识，或非实质性改进技术、工艺、产品(服务)发生的研发费不得加计扣除。

5.委托外单位研究开发，委托方已按规定加计扣除的，受托方不得再加计扣除。需要注意的是，对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细情况，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除。

6.未按规定报备的研发费用不得加计扣除。研究开发费用的减免属于备案式减免，纳税人未按规定报备不得享受加计扣除的优惠政策。对研究开发费用，企业必须实行专账管理，按照规定项目准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额，并在年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送。

7.未提供项目协议或合同的，不得加计扣除。企业集团根据生产经营和科技开发的实际情况，对技术要求高、投资数额大，需要由集团公司集中开发的研究开发项目，其实际发生的研究开发费，可以按照合理的分摊方法在受益集团成员公司间分摊。企业集团采取合理分摊研究开发费的，企业集团应在申请加计扣除时，向税务机关提供集中研究开发项目的协议或合同，该协议或合同应明确规定参与各方在该研究开发项目中的权利和义务、费用分摊方法等内容。如不能提供协议或合同，研究开发费不得加计扣除。

8.限制和淘汰禁止类的产品、技术、工艺项目，不得享受研究开发费用加计扣除优惠。

9.企业为在职直接从事研发活动人员列支或缴纳的虽与工资额密切相关的费用，如职工福利费、职工教育经费、工会经费和“五险一金”均不可以加计扣除;非在职的临时外聘研发人员工资、薪金不得加计扣除;为研究开发活动提供直接管理和服务的人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴等不可以加计扣除。

10.用于研发活动的仪器设备维护、维修、改建、改装等费用不得加计扣除。

11.用于中间试验和产品试制设备的调整及检验费，样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费等不可以加计扣除。

12.直接对外销售的研发产品，其研发成本中的材料、燃料及动力等费用不得加计扣除。

13.研发成果的评估以及知识产权的申请费、注册费、代理费等费用不可以加计扣除。

14.与研发活动有直接关系的一些其他费用也不可以加计扣除，比如会议费、差旅费、办公费、通信费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、业务招待费等。

15.法律、行政法规不允许在企业所得税前扣除的费用不得加计扣除，比如财政拨款等不征税收入用于支出所形成的费用。

16.财务核算不健全且不能准确归集研发费用的企业发生的研发费不得加计扣除。企业申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。

17.不符合规定的研发活动发生的研究开发费用不得加计扣除。即对非创造性运用科学技术新知识，或非实质性改进技术、工艺、产品(服务)发生的研究开发费用不得加计扣除。还有需要注意的是，可享受加计扣除的研发活动不包括企业产品(服务)的常规性升级或对公开的科研成果直接应用等活动。

18.研究开发费用划分不清的，不得享受加计扣除。对企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，企业应对研发费用和生产经营费用分开核算，准确、合理地计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，一律不得实行加计扣除。