1、犯罪嫌疑人不承认笔迹可以继续司法鉴定，如果鉴定一致，可以认定有罪。

2、《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二十七条规定“当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：

(1)鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的；

(2)鉴定程序严重违法的；

(3)鉴定结论明显依据不足的；

(4)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。

一、司法鉴定的程序该怎么进行？

1、当事人申请鉴定，应当在举证期限内提出。

2、申请鉴定时，要预交鉴定费用，并提供相关材料。

3、当事人申请鉴定经法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成时，由人民法院指定。

4、当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定，提出证据证明存在下列情形之一的，人民法院应予准许：

(1)鉴定机构或者鉴定人员不具备相关的鉴定资格的。

(2)鉴定程序严重违法的。

(3)鉴定结论明显依据不足的。

(4)经过质证认定不能作为证据使用的其他情形。

5、对有缺陷的鉴定结论，可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的，不予重新鉴定。

二、司法鉴定的原则有哪些？

1、司法鉴定机构必须是按法律、法规、部门规章规定，经过省级以上司法机关审批，取得司法鉴定实施权的法定鉴定机构，或按规定程序委托的特定鉴定机构。司法鉴定人必须是具备规定的条件，获得司法鉴定人职业资格的执业许可证的自然人。

2、司法鉴定材料主要是指鉴定对象及其作为被比较的样本(样品)。鉴定对象必须是法律规定的案件中的专门性问题，法律未作规定的专门性问题不能作为司法鉴定对象。如我国现阶段对司法心理测定(俗称测谎)、气味鉴别(警犬鉴定)等尚未作为法定鉴定对象，其鉴定结论不能作为证据。而且鉴定材料的来源(含提取、保存、运送、监督等)必须符合相关法律规定的要求。

3、鉴定程序合法性，包括司法鉴定的提请、决定与委托、受理、实施、补充鉴定、重新鉴定、专家共同鉴定等各个环节上必须符合诉讼法和其他相关法律法规和部门规章的规定。