非法营运车被扣，公安机关交通管理部门并不能扣留车上的货物，机动车驾驶人或者货物所有人可以在交通管理部门对所载货物核实好重量、体积及货物损失后自行处理。

一、非法营运车被扣，车上的货物如何处理

非法营运车被扣，车上的货物不得被公安机关交通管理部门扣留。在对所载货物在核实重量、体积及货物损失后，通知机动车驾驶人或者货物所有人自行处理。公安机关对收缴和追缴的财物，经原决定机关负责人批准，按照下列规定分别处理：

1．属于被侵害人或者善意第三人的合法财物，应当及时返还；

2．没有被侵害人的，登记造册，按照规定上缴国库或者依法变卖或者拍卖后，将所得款项上缴国库；

3．违禁品、没有价值的物品，或者价值轻微，无法变卖或者拍卖的物品，统一登记造册后予以销毁；

4．对无法变卖或者拍卖的危险物品，由县级以上公安机关主管部门组织销毁或者交有关厂家回收。

二、非法营运如何认定

认定非法营运行为需符合两个条件：

1．是一种经营行为；

2．车辆属于非营运车辆，即未按规定领取有关主管部门核发的营运证件和超越核定范围进行经营。

根据《中华人民共和国道路运输条例》、《道路货物运输及站场管理规定》、《道路旅客运输及客运站管理规定》：

非经营性道路运输，是指为本人生产、生活服务，不发生费用结算或者不收取报酬的道路运输。

客运：

（一）未取得道路客运经营许可，擅自从事道路客运经营的；

（二）未取得道路客运班线经营许可，擅自从事班车客运经营的；

（三）使用失效、伪造、变造、被注销等无效的道路客运许可证件从事道路客运经营的；

（四）超越许可事项，从事道路客运经营的。

货运：

（一）未取得道路货物运输经营许可，擅自从事道路货物运输经营的；

（二）使用失效、伪造、变造、被注销等无效的道路运输经营许可证件从事道路货物运输经营的；

（三）超越许可的事项，从事道路货物运输经营的。

三、非法营运扣车一般多久

非法营运车辆暂扣最多不能超过60天。未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输条经营的；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下罚款，没有违法所得或违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

《道路货物运输及站场管理规定》

《道路旅客运输及客运站管理规定》

《〈中华人民共和国道路运输条例〉释义》