按照我国《民事诉讼法》及最高院司法解释的规定，合同纠纷，由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。如果合同没有实际履行，当事人双方住所地又都不在合同约定的履行地的，应由被告住所地人民法院管辖。同时，法律赋予当事人协议约定管辖法院的权利，即合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反民诉法对级别管辖和专属管辖的规定。

在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。

对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。因为，公司股权转让纠纷的特殊性在于转让行为需要向公司注册地的登记机关履行相应手续方可完成（如果是外资企业，在工商变更之前还需要商务主管部门的批复，否则股权转让合同不生效），因此，以公司注册地作为此类案件的管辖地也是国际上通行的做法。

一、怎么处理股权转让纠纷

1、有限责任公司股东对外转让股权的，应当向公司和其他股东告知拟受让人和拟转让价格条件，并征求其是否同意转让的意见。公司和其他股东应于30日予以答复，逾期未答复者视为同意转让；公司和其他股东再起诉请求撤销转让行为的，人民法院不予支持。

2、有限责任公司股东未足额出资即转让股权，公司或者其他股东请求转让人将转让股权价款用于补足出资的，人民法院应予支持，并且可以追加受让人为第三人参与诉讼。有限责任公司股东未足额出资即转让股权，受让人以转让标的存在瑕疵或者受到欺诈为由主张撤销合同的，人民法院不予支持，有法律规定的特殊情形除外。

3、名义股东未经实际出资人同意而将股权转让的，实际出资人按照约定请求名义股东赔偿其因股权转让而遭受的损失的，人民法院应予支持。上述诉讼中，实际出资人以其为实际权利人为由主张转让行为无效，如其不能提供证据证明受让人系明知转让人为名义股东的，人民法院不予支持。