法院作退案(不予受理)处理的理由是：职务侵占案应当由公安机关侦查管辖，现在检察院却予以立案侦查，由于侦查主体不合法，导致本案取得的所有证据无效。

众所周知，职能管辖冲突的情形主要有以下六类：

一是本来应该由公安机关管辖的案件而由检察机关侦查终结并移送起诉，如职务侵占案、商业受贿案;二是本来应该由检察机关侦查管辖的案件而由公安机关侦查终结并移送起诉，如贪污案、受贿案;三是本来应该由法院直接受理的自诉案件而由公安机关侦查终结并移送起诉，如侵占案、侮辱、诽谤案;四是本来应该由公安机关等部门侦查的案件由原告人向法院自诉;五是本来应该由国家安全机关、海关、军队保卫部门、监狱等侦查管辖的案件而由公安机关或检察院侦查终结并移送起诉，如为境外非法提供国家秘密案;六是本来应该由检察院或公安机关职能管辖而由国家安全机关、海关、军队保卫部门、监狱等侦查终结并移送起诉的案件，如非法获取国家秘密案。司法实践中最常见的是第一种情形。也恰恰是第一种情形中，法院往往对其认为需要改变职能管辖而将之提起公诉的案件作退案处理。这已经在一定程度上影响到了司法的公正与效率。

二、对问题的剖析我们认为，在侦查的初期，如果发现管辖不对，各侦查机关应当及时变更管辖。但在侦查机关将案件侦查终结并移送审查起诉后，起诉部门经审查(形式审查和实体审查)，由其基于公诉权而确定的向法院提起公诉，法院未经开庭审理是无权指令检察院变更管辖并对提起公诉的案件作退案处理。因为法院的这种处理方法其所依据的理由缺乏充分根据，无论在理论上还是在实践中都会导致一系列的问题。

剖析之一：法院的这一做法与刑诉法关于职能管辖的精神不相符合我国刑事诉讼中的职能管辖是公、检、法三机关立案受理刑事案件的分工制度。这种管辖分工是司法机关的内部分工和司法资源的内部分配，它着眼于从技术层面上进行划分，这有别于司法权的划分，更不能将这种分配等同绝对的司法权划分。

1、职能管辖是刑诉法分工负责、互相配合、互相制约原则的具体运用，三者是有机的统一，而不能片面强调哪一方面。刑诉法职能管辖的规定可以防止司法机关对刑事案件互相争夺或者相互推诿，因为司法机关只有依照法律规定的管辖分工，才能更好地完成刑事诉讼的任务。但是，如果过分强调各自职责的分明，反而会使刑事案件得不到及时有效的处理，这就会与刑诉法关于职能管辖的立法精神相违背。因为在司法实践中，“性质不明、难以归口”的案件数量不少，而且司法人员在将法律规定运用来处理待处理案件时，将不可避免带有主观色彩来解释法律规定(如主体对法律条文理解不同，对案件定性也就会不同)以运用来解决当前案件。这些都决定了不可能绝对分明地按照职能管辖的规定来处理案件。因此，过分地强调各负其责，将使案件得不到有效地处理，不能及时有效地惩罚犯罪，确保公民的合法权利不受侵犯，从而背离职能管辖的精神。实际上，职能管辖不仅体现分工负责，而且也体现互相配合和互相制约。因此，公、检、法三机关在按照职能管辖的规定进行刑事诉讼时，在分工负责的基础上，还得相互支持，通力合作，使案件得到及时处理，共同完成查明案件事实，揭露、证实和惩罚犯罪的任务。

2、在实践中，职能管辖存在交叉管辖的情况。六部委《规定》第6条规定，公安机关侦查刑事案件涉及人民检察院管辖的贪污贿赂案件时，应当将贪污贿赂案件移送人民检察院;人民检察院侦查贪污贿赂案件涉及公安机关管辖的刑事案件，应当将属于公安机关管辖的刑事案件移送公安机关。在上述情况下，如果涉嫌主罪属于公安机关管辖，由公安机关为主进行侦查，人民检察院予以配合;如果涉嫌主罪属于人民检察院管辖，由人民检察院为主进行侦查，公安机关予以配合。主罪与次罪的划分，应当以犯罪嫌疑人涉嫌的犯罪可能判处的刑罚轻重为标准。

3、立法本身存在的模糊性也使职能管辖不可能做到界限绝对分明。刑诉法第18条规定，对于国家机关工作人员利用职权实施的其他重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。这些案件有那些，法律没有作出具体规定，也没有司法解释。这类案件只能根据司法实践经验来确定，这主要包括：(1)国家机关工作人员利用职权实施的其他应当判处3年以上的，而立案侦查管辖权限不明确的刑事犯罪案件;(2)国家机关工作人员利用职权实施的其他应当判处3年以上有期徒刑的犯罪案件，检察机关通知公安等侦查机关立案侦查，公安等侦查机关仍不立案侦查的刑事犯罪案件;(3)国家机关工作人员利用职权实施的法律新规定的重大犯罪，而司法机关又无明确管辖分工的刑事犯罪案件。对这些案件，经基层人民检察院层报省级以上人民检察院批准可由人民检察院直接立案侦查[1]。

4、从检察机关在刑事诉讼活动中的性质、地位来看，职能管辖也只具有相对的意义。在刑事诉讼活动中，检察机关除负责部分刑事案件的侦查外，还代表国家行使法律监督权。这使检察机关在刑事诉讼活动中，可以及时发现刑事司法机关不严格执法的情况，以确保国家刑事法律的统一和正确实施。而这一监督权在职能管辖上的表现就在于，对检察院认为应当由公安机关管辖的案件，检察机关通知立案，公安机关拒不立案，为避免案件时过境迁，检察机关可以直接立案。这样，既能解决特殊情况下公安机关拒不立案的问题，又能为对追究公安机关及其他人员拒不履行职责的责任提供事实依据。如果片面强调管辖的明确(有时根本做不到)，不仅会造成对犯罪打击不力的问题，而且也会取消宪法赋予检察机关的法律监督权。