1、经济补偿金的平均工资基数是否要计算“年终十三薪”

国家统计局《关于工资总额组成的规定》第四条规定：工资总额由下列六个部分组成：(一)计时工资;(二)计件工资;(三)奖金;(四)津贴和补贴;(五)加班加点工资;(六)特殊情况下支付的工资。

“年终奖十三薪”是奖金的性质，属于工资总额的组成部分，因此用人单位在对经济补偿金的平均工资基数进行计算时，应当将劳动者年终奖十三薪计算在“前十二个月工资”之内。

2、经济补偿金的平均工资基数是否能扣除个人缴纳的社会保险、住房公积金费用

根据相关法律法规规定，社保、住房公积金由用人单位与劳动者按照一定的比例缴纳。而用人单位每月为劳动者代扣代缴的个人部分，最后进入劳动者个人社保或公积金账户，是货币性收入，当然属于工资的组成部分，因此在计算经济补偿金的平均工资基数时不能扣除。

3、经济补偿金的平均工资基数是税前工资还是税后工资

对于这个问题，法律并未明确规定平均工资是税前工资还是税后工资，但《劳动合同法实施条例》规定经济补偿金的工资基数按照劳动者应得工资计算，而应得工资通常是指税前工资。

根据财政部、国家税务总局2001年颁布的《关于个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入征免个人所得税问题的通知》第一条规定：“个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入(包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费用)，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税;超过的部分按照《国家税务总局关于个人因解除劳动合同取得经济补偿金征收个人所得税问题的通知》(国税发〔1999〕178号)的有关规定，计算征收个人所得税。”

上述条款表明，对劳动者取得的经济补偿金，只有在高于一定总额之后再通过法定的计算方式缴税;如果劳动者取得的一次性经济补偿金在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，是免征个人所得税的。因此，公司不能在计算工资基数时先行扣除个人所得税，经济补偿金的平均工资基数应当是税前工资。