农业承包合同纠纷政府一般是会进行处理的。根据相关法律规定，因土地承包经营发生纠纷的，合同双方可以先自行协商，也可以直接申请村民委员会或乡（镇）人民政府等政府机构或民间组织调解解决。

一、如何办理以转让方式流转土地承包经营权手续

土地承包经营权转让流程是：1、发包方对承包方提出的转包、出租、互换或者其他方式流转承包土地的要求，应当及时办理备案，并报告乡(镇)人民政府农村土地承包管理部门。2、承包方转让承包土地，发包方同意转让的，应当及时向乡(镇)人民政府农村土地承包管理部门报告，并配合办理有关变更手续;发包方不同意转让的，应当于七日内向承包方书面说明理由。3、乡(镇)人民政府农村土地承包管理部门应当及时向达成流转意向的承包方提供统一文本格式的流转合同，并指导签订。4、乡(镇)人民政府农村土地承包管理部门应当建立农村土地承包经营权流转情况登记册，及时准确记载农村土地承包经营权流转情况。

二、土地承包经营权变更的程序是什么

土地承包经营权变更按照下列程序办理：

(1)承包方填写变更登记申请书。

(2)申请人持二轮延包合同书和《农村土地承包经营权证》。

(3)村委会在申请书上签字盖章。

(4)(发包方)证明材料，主要是已变更的农村土地承包合同。

(5)承包方将申请书、有关证明材料和《农村土地承包经营权证》，报送乡(镇)经管站审核。经审核后在登记簿上进行记载。

(6)由乡(镇)人民政府向市人民政府提出“变更登记”书面申请(后附有关材料一式两份)和承包户交回的《农村土地承包经营权证》。由市农业局经管站对乡镇人民政府报送的申请材料予以审核，符合规定的，在登记簿上进行记载。在原《农村土地承包经营权证》增减变动栏目填写增减变动地块名称及面积，并在证书上注明“变更”的字样。

三、农村土地证土地经营权要怎么处理

根据我国法律规定，因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。