1、员工违反保密协议的，需要承担的责任如下：

(1)、民事责任

民事责任又可以分为违约责任和侵权责任。雇员违反保密协议很可能同时侵犯了用人单位的商业秘密，给用人单位造成了实际损失。因此，用人单位可以要求雇员承担违反保密协议约定的违约责任，如果保密协议中约定了违约金，则用人单位可以要求违约的雇员支付违约金。如果违约金畸高或者畸低，双方可以要求适当降低或提高。

用人单位也可以选择要求雇员承担赔偿损失的侵权责任。但违约责任与侵权责任不能同时适用，用人单位只能从中选择一种。

(2)、行政责任

根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处以一万元以上，二十万元以下的罚款。同时工商管理机关还可以责令侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。

(3)、担刑事责任

根据《刑法》的有关规定，如有以下行为，并且给商业秘密的权利人造成重大损失的，处3年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金，造成特别严重后果的，除3年以上7年以下有期徒刑，并处罚金。

2、法律依据：

《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条

《中华人民共和国刑法》第二百一十九条

《反正当竞争法》第二十一条

一、哪些员工应签保密协议

用人单位对于员工的保密要求既可以约定在保密协议中，也可以约定在劳动合同中。因此用人单位可以与某些员工个别的签订保密协议，也可以与所有的员工签订含有保密条款的劳动合同。一般来说保密协议的内容总是经保密条款的内容更为详尽。一般来说，与企业签订保密合同的员工包括：

1、高级研究开发人员、技术人员、经营管理人员；他们或者掌握着企业的核心技术，或者担任企业的主要管理工作，掌握着企业的重要经营信息，他们是签订保密协议的主要对象。

2、一般技术支持人员和关键岗位的技术工人；他们虽然不是最主要的人员，但是也有可能接触到企业的核心技术，也有必要与他们签订保密协议。

3、场计划、销售人员；他们是经营决策的实施者，了解企业的营销计划、客户名单，因此企业也会与他们签订保密协议。

4、财会人员、秘书人员、保安人员等。他们都有可能由于岗位的原因了解到企业的商业秘密，如果不与他们签订保密协议，他们很可能有意或无意的泄露企业的商业秘密。