1、土地承包合同纠纷的管辖法院是什么，要依据纠纷的类型而定：

（1）如果是合同纠纷，土地承包合同有约定的，由约定法院管辖，没有约定的，由合同履行地或者被告人所在地法院管辖；

（2）如果是不动产纠纷，属于专属管辖的范围，由土地所在地人民法院管辖。

2、法律依据：《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条、第三十四条

农村土地承包合同纠纷的成因

1、历史原因造成我国农村土地现状比较乱，是纠纷产生的历史性根源。因为经营权范围的限制和“政农不分”的中国特色，实施过程中农民的自主经营权受到严重限制，在土地分配上也是多经变化，经常对土地进行调整。历史的原因造成了我国农村土地现状的混乱局面。

2、法律和政策的衔接不协调是纠纷产生的法制性根源。历史原因形成的土地现状的混乱，使得法律和现实脱节，使良好的法律政策无法实际良性运行。我国法律、政策的多变性，与历史原因形成的农村土地现状混乱，以及我们没有根据国家法律、政策的改变对土地政策及时调整产生的矛盾，导致农村土地纠纷的大量产生。

3、农民利益分化是纠纷产生的结构性根源。随着农村经济体制改革的不断深入，国家和政府在逐步加大对农业的各项投资建设，涉及农村和农业的政策也逐渐向着农民利益倾斜，因此在相当长的时间内，农村土地的增值成为必然。土地发包初期没有提出异议或进行荒地开发时没有提出异议，后来经开发土地状况变好或种植的农产品价格上涨，土地承包者获得了较大利益，土地所有的村集体组织成员，因利益驱动心理不平衡产生纠纷。

4、地方政府职能错位是纠纷产生的体制性根源。在社会转型期，政府职能错位、行为失范的现象时有发生。在政府与农民的关系上。

5、基层组织社会控制力弱化是纠纷产生的社会性根源。从调查的情况看所有土地使用权流转、农地征用、及农村集体经济收益分配等纠纷，均是由于村基层组织实施的重大决策没有按照村民委员会组织法的规定运作，没有召开村民大会或村民代表大会方式进行民主决议，损害了农民民主权利和财产权利而引起。群众的利益一旦受到损害，在本地区本组织内难以解决或无法解决后，通过法律途径解决已成为人们的普遍性选择。