股权转让溢价是根据市场的标准来进行的，允许扣除的股权成本为企业投资时实际交付的出资金额。对此《企业所得税法实施条例》中已有明确：企业的各项资产，包括固定资产、生物资产、无形资产、长期待摊费用、投资资产、存货等，以历史成本为计税基础。前款所称历史成本，是指企业取得该项资产时实际发生的支出。企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。同时，《关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》中规定：股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。

需要注意的是，如果最初投资时被投资企业出现股本溢价，计入了资本公积，那么对于被投资企业账面记载而言，其投资成本包括长期股权投资和股本溢价两部分，体现了资产计价的历史成本原则。对于这一点，可从《关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》文中得到印证：被投资企业将股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础。可见股权溢价形成的资本公积是初始投资成本的一部分，在计算股权转让所得时也应予以关注。

一、股权转让办理在哪个机构进行

股权转让一般来说是在工商局进行，如果当地特殊情况的话就要根据当地的规定进行。

根据公司登记管理条例的规定，须在发生变动之日30日内完成变更，只要申报变更的备案资料齐全，符合工商局要求，当日受理就能办结了。

二、办理股权转让流程是怎样的

1、领取《公司变更登记申请表》（工商局办证大厅窗口领取）

2、变更营业执照（填写公司变更表格，加盖公章，整理公司章程修正案、股东会决议、股权转让协议、公司营业执照正副本原件到工商局办证大厅办理）

3、变更组织机构代码证（填写企业代码证变更表格，加盖公章，整理公司变更通知书、营业执照副本复印件、企业法人身份证复印件、老的代码证原件到质量技术监督局办理）。