一、超市要扣员工工资合法吗

该超市行为明显违法。

我国《劳动合同法》第九条规定：用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。

关于劳动合同，该法第十条规定：已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。否则，第八十二条规定：用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。

二、克扣工资的法律责任

根据《劳动合同法》第85条的规定，用人单位未依照劳动合同的约定或未依照本法规定支付劳动者劳动报酬的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额50％以上100％以下的标准向劳动者加付赔偿金。

在用人单位拖欠或未足额发放劳动者报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。

三、克扣员工工资该怎么赔偿

《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第二条对劳动者的经济补偿金，由用人单位一次性发给。第三条用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，以及拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的，除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。

劳动部关于印发《工资支付暂行规定》的通知

第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：

（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资；

（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；

（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。

《中华人民共和国劳动合同法》（2012修正）：第二章　劳动合同的订立　　第九条　【用人单位不得扣押劳动者证件和要求提供担保】用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。