小产权房屋租赁合同纠纷问题有以下的处理方法：

1、房屋租赁首先应当确定房屋租赁人必须具备处分房屋的权力。即出租人具有房屋的权。目前，很多无权处分人擅自出租房屋。当承租人入住之后，又被正房主驱逐出去，又找不到“出租人”，只能哑巴吃黄连，有苦说不出。因此，一定要认真看待这个问题。

2、合同中应当明确出租房屋的用途，如果在合同中没有明确，承租人在租赁房屋之后，改变房屋的用途，导致出租人财产利益的损失，却又不能依据合同找回自己的损失，实为得不偿失。

3、房屋租赁应当明确租金的交付方式以及交付日期，这也是双方当事人应当考虑的重点问题。有的时候，承租方承受能力有限，如果一次性交纳几个月的房租困难，这时候就可以通过在合同中规定按月交纳。如果没有规定，房屋租赁后就易出现矛盾，不利于双方当事人和平共处

4、房屋的使用和修缮义务的约定。法律规定，承租人有按约定使用房屋并保护房屋的义务，如果承租人违反义务，出租人可以解除合同并要求赔偿损失；出租人在房屋出租期间，具有修缮房屋的义务，因此，在签订合同时，应注意这些内容的设定。很多出租人会将房屋的修缮义务约定给承租人，这是不合理的。

5、使用房屋时，涉及水费、电费以及（北方）取暖费等费用的负担问题。这些因素承租人必须与房屋的租赁价格相结合。经过双方讨价还价后，应该将部分费用的负担情况写在合同中，以免履行中出现纠纷。

6、合同期满后，双方当事人可以继续续签合同。如果不签订合同，而承租人继续使用房屋，并且支付房租，出租人收租，则视为不定期合同，双方可以随时解除合约。

7、合同应对承租人是否具有转租权以及转租应当遵循的程序予以规定，这样能有效地保护房主的合法权益。通常，即使承租人具有转租权，也必须在征得房租的同意下方可进行。否则，房主可以解除出租合同。

8、根据买卖不破租赁原则，在房屋承租期间，房主处分房产，承租人并不因此失去租赁权。只要租赁人在合同中作此约定，承租人可以在新房主取得房产后，继续租赁房屋至租赁合同到期为止。另外，承租人在房主处分房屋时，有优先受让权，即在同等价格条件下，有优先购买房屋的权利，此亦为法定。

9、根据租赁合同相关司法解释规定，承租人经出租人同意而为装修，但未对合同期满后装修费用的补偿作出约定的，承租人也无权要求出租人对装修费用补偿。在商铺租赁中，承租人通常会对承租商铺进行装修，上策是在合同中明确约定合同期满后装修费用的承担，退一步而言，若没有明确约定，则要结合租期，评估装修成本是否符合合同期内的经营目标，不能想当然期望通过与承租人续约来分摊装修成本。