新《税收征管法》第51条明确规定：“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还;纳税人自结算缴纳税款之日起3年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还;涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。”

由此可见，税款退还的前提是纳税人缴纳了超过应纳税额的税款，而退还的时限及方法依发现主体的不同而不同。一是时限不同。税务机关发现的多缴税款，不受时间限制，都应当立即退还。而纳税人发现的，只有在税款结算之日起3年内可以退还，超过3年的不能退还。比如某企业于1998年和1999年连续2年都多缴了88万元的税款，税务机关一直没有发现，该企业2002年6月份发现时已累计多缴了税款176万元，于是该企业向税务机关提出退还多缴税款的申请。税务机关对申请进行审核后认定，由于该企业1998年的税款结算已超过3年，只能退还其1999年多缴的88万元的税款。又如，一家企业1996年多缴了38万元的税款，税务机关于2001年发现这一情况后，立即办理了退还手续。二是是否给予纳税人补偿不同。税务机关发现的，只退还多缴的税款，没有补偿;纳税人发现的，税务机关除退还多缴的税款外，还要给纳税人加算同期活期存款利息。

一、税款退还的具体程序

1.纳税人在规定期限内向主管税务机关领取《退税申请表》一式三份，填写后报主管税务机关。

2.主管税务机关对纳税人的退税申请进行审查核实后，报县级以上税务机关审批。

3.县级税务机关审批后，将《退税申请表》一份退还给纳税人，一份交纳税人主管税务机关作为退税凭证的附件，一份由本局主管科(股)留存。

4.主管税务机关根据上级税务机关审批的《退税申请表》，填开《中华人民共和国税收收入退还书》，由国库审查办理退库。

二、税款退还中应注意的事项

1.纳税人既有应退税款又有欠缴税款时，税务机关应当将应退税款先抵扣欠缴税款，抵扣后还有应退税款的，可按抵扣后的余额退还，也可以根据纳税人的要求留抵以后纳税期的税款。

2.利息的加算。纳税人发现多缴税款的，在3年结算期内可要求退还并加算银行同期存款利息。这是《税收征管法》新增加的内容。《国家税务总局关于贯彻实施有关问题的通知》(国税发[2001]54号)明确规定，对纳税人多缴的税款退还时，自2001年5月1日起按照人民银行的同期活期存款的利率计退利息。即多缴税款发生在2001年5月1日以前，2001年5月1日以后退还的，从2001年5月1日开始加算银行同期活期存款利息;2001年5月1日以后发生的，从结算税款之日起加算银行同期活期存款利息。计息时间到办理退税手续之日为止。

同时，根据国家税务总局《关于贯彻实施有关问题的通知》(国税发[2001]54号)第五条规定，对下列三种情况不能加算利息。

一是出口退税不加算利息。目前出口退税有两种情况：

(1)根据国务院国发[1997]18号《关于生产企业自营出口或委托代理出口货物实行“免、抵、退”税办法的通知》规定，有出口经营权的企业无论是自产或购进货物出口，以及没有出口经营权委托外贸部门代理出口的企业，都可以依法从海关获取退税，这种退税是属于鼓励性质的税收优惠，因此，不能加算利息。

(2)为了防止生产环节未缴税，出口环节退税给国家造成损失，国家出口退税管理办法规定，凡为出口企业生产出口货物出厂时必须先按法定税率的40%，即6.8%的征收率填开增值税(出口货物)专用缴款书先行缴纳税款，然后按企业实际税收负担率进行结算，多退少补。这种情况下退还多缴税款，是按照征管办法的规定执行的，补缴税款不加收滞纳金，退税也自然不应加算利息。

二是预缴税款退还不加算利息。按照我国税法规定企业所得税实行按月或按季预缴、年终汇算清缴的办法，所得税预缴是以当期实现的应税所得额为计税依据，年度终了后汇算清缴补税不加算滞纳税金。因此退还多缴税款也不应加算利息。

三是先征后退税款不加算利息。此类退税是国家对某些部门、行业或特定货物给予的政策性优惠。即先根据税收法规所规定的不同条件和退税比例计算应退税额予以退还或返还，对这类退税不存在加算利息的情况。