二战结束以后，德国宪法进行了修改，明确规定所有公共政府部门的决定均应受司法监督与公众审查，受行政决定影响的当事人有权获得司法救济。

原先，对德国专利商标局所做驳回商标注册申请等决定不服的当事人，只能向德国专利商标局内部的上诉委员会提出复审申请，由该委员会审理并做出终局决定。为使不服德国专利商标局行政决定的当事人真正享有德国宪法规定的司法救济权利，德国于1962年在慕尼黑成立了德国联邦专利法院，专门管辖不服德国专利商标局行政决定的知识产权案件（专利、商标侵权民事案件则仍由德国境内有管辖权的地方法院审理）。

德国联邦专利法院设有29个审判庭（或称“委员会”），其中有9个审判庭负责审理对德国专利商标局驳回商标注册申请决定、异议裁定等不服的商标案件。

由于知识产权案件具有很强的专业技术性和程序性，在德国法院系统中只有联邦专利法院才有由某一技术领域技术专家担任法官的现象。所有具有技术背景的法官都是从德国专利商标局的高级审查官中考录，而且大多数具有法律背景的法官也来自该局。反之，德国联邦专利法院的法官也可以到德国专利商标局担任高级审查官。

截止到2003年底，联邦专利法院共有60位技术法官和64位法律法官。两类法官地位相同，在案件审理过程中平等地行使权力。

德国联邦专利法院与德国专利商标局在同一座公务大楼内办公，无论是人员来源还是地理位置，两机构均存在着密切的联系。专利法官与高级审查官之间可以相互交换意见、探讨问题，但他们均独立地做出司法判决或行政决定，不受任何干扰。专利法官在德国专利商标局的工作经历丝毫不会影响到其审理案件的公正性。

由于两机构人员频繁地双向交流，使得专利法官与高级审查官对商标审查标准的认识与把握日益趋同，进而在商标行政执法与司法审查的实践中增强了执法尺度的统一性，当事人也会从类似的行政决定与司法判例中对争议商标案件处理结果有大致的推测，进而决定采取何种救济措施以及是否穷尽所有的救济渠道。

德国联邦专利法院审理不服德国专利商标局决定的案件遵循民事诉讼原则。法官对上诉案件的审理，既审查事实的认定情况又审查法律的适用情况。商标案件通常需要13个月左右的时间审结。

德国专利商标局一般不参与不服其决定的案件的诉讼。但如果涉及公共利益或者重要的法律问题，德国联邦专利法院会邀请德国专利商标局局长参加，不过这种情况很少。德国专利商标局局长可指定专人或提交书面陈述或参与庭审。通常由专利商标局商标部质量监督处（即法律处）负责人决定是否参与庭审。如决定出庭，则由质量监督处高级审查官或会同商标审查处高级审查官一起作为第三人参与庭审，阐述德国专利商标局依职权做出决定的理由。

德国联邦专利法院通常直接做出是否准予商标注册的判决。只是在德国专利商标局所做决定存在非常明显错误的情况下，为提请其注意，避免以后类似情形再度发生才发回重审。

德国联邦最高司法机关共有6类，为联邦最高法院、最高行政法院等，其中联邦最高法院主管民事和刑事案件的审理。联邦最高法院是不服联邦专利法院判决的上诉案件的终审法院，最高行政法院不是上述案件的终审法院（德国对商标行政行为审查未纳入行政法院的管辖范围，未作为行政案件审理）。联邦最高法院同时也是德国商标侵权案件的终审法院。所有商标案件的终审权能都归于德国联邦最高法院，从体制上保证了执法尺度的统一。

当事人能否向联邦最高法院提起上诉，联邦专利法院具有审查决定权。如果认为该案涉及重大法律问题，可批准当事人向联邦最高法院上诉。能够上诉到联邦最高法院的案件极少，在绝大多数情况下联邦专利法院做出的判决即为终审判决。

根据德国联邦专利法院院长指派的资深法官维娜女士所介绍的德国商标行政确权与司法审查的实践情况看，绝大多数的德国商标确权案件通常只需行政一审、司法一审，即可结束。减少了程序，缩短了审理周期，尽早地确定了争议商标的权利状况，维护了当事人的合法权益，较好地处理了效率与公正的关系。