农村土地确权纠纷的主要问题有：

1、承包面积小于实际种植面积；

2、承包地被依法征用；

3、无法复垦的承包地；

4、被公益事业占用的承包地；

5、进行土地调整的承包地；

6、因子女结婚分户的承包农户；

7、因离婚分户的承包户；

8、人员变动的情况的承包户；

9、主动放弃二轮承包经营权的承包户；

11、不符合分田条件的农户；

12、有家庭人员死亡的承包户；

13、代种他人承包地的承包户；

14、已承包到户集体土地；

15、采取方式流转承包地的承包户；

16、进行综合整治的土地；

17、出现历史遗留纠纷的土地。

农村土地确权纠纷处理原则

（1）从实际出发，尊重历史的原则

土地权属争议产生的原因很多，但多数是因历史遗留下来的问题所引起的，这种情况在集体组织之间的土地权属关系中十分常见。引起这类争议的主要原因有：历史上乡、村、社、队、场因合并、分割、改变隶属关系等行政建制变化遗留的权属未定、权属不清；因过去的土地开发、征地退耕、兴办或停办企事业、有组织移民形成的权属不清；因过去无偿占用或一平二调造成的权属争议；地界不明，包括过去无偿划拨荒山、荒地时未计算面积和划定地界，历史上无地界标志或地界标志不明，新划地界不清或不合理，兴修水利、平整土地、开荒、更改河道等造成地界变化等情形。这些争议的普遍特点，就是土地占有现状缺乏权属依据或者权属依据难以证明。处理这类纠纷，应当从历史出发，摸清争议土地的历史发展变化，查明引起变化的事实背景和当时的政策依据，确定争议产生的原因，以合理划定地界、确定权属。

（2）现有利益保护的原则

土地权属争议处理前，土地权利处于不确定状态，因此，在土地所有权和使用权争议解决之前，任何一方不得改变土地现状，不得破坏土地上的附着物，争议双方应本着保护现有利益的原则，不得有任何破坏土地资源、阻挠争议解决的行为。在涉及历史原因的集体土地争议中，如历史事实不清、相关证据或政策依据不明，应以土地实际占有的现状为根据确定土地的权属关系。在国有土地因重复征用或重复划拨引起的土地争议中，也应本着后者优先的原则，按土地利用现状确定权利归属。

（3）诉讼解决以行政处理为前置的原则

政府处理在土地权属纠纷解决方式中占有很重要的地位。土地确权是一项政策性和技术性较强的工作，政府土地行政主管部门基于对本行政区的土地状况比较了解，对发生的争议，能从实际出发，尊重历史，面对现实，以法律、法规和土地管理规章为依据，及时、公正地解决土地权属纠纷。因此，土地权属争议的解决，应先采用行政处理的方式，只有对行政处理不服，当事人才可以向人民法院起诉。当事人直接向人民法院提起诉讼的，人民法院不予受理。

《土地管理法》第八条，农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于，农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理。