两个公司的分公司经过法定程序，即可以合并。根据相关规定，分公司一般不具有法人资格，其民事责任由公司承担。两个公司的分公司可以跟随各自总公司的行为进行合并，但不可脱离总公司的行为单独进行合并。公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。

分公司合并到总公司原合同有效吗

公司合并后，并不影响原合同的效力。

民法典规定，合同生效后，当事人不得因姓名、名称的变更或者法定代表人、负责人、承办人的变动而不履行合同义务。

另外，《中华人民共和国公司法》第一百七十四条也规定，公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。

三、公司合并的程序是怎样的

1、董事会提出合并方案或者合并计划。公司法授予公司董事会“拟定公司合并方案”的职权。

2、股东会（大会）表决通过合并决议。公司法规定合并要有合并各方股东会（大会）做出特别决议。

3、签订合并合同并编制资产负债表和财产清单。合并各方必须对合并的形式、条件、支付方式以及双方的其他权利义务做出规定并编制资产负债表和财产清单。

4、实施债权人的保护程序。实施债权人的保护程序，即在做出合并的决议后通过邮寄、公告等方式通知债权人，要求其在规定的时间内可对合并提出异议。公司法规定，自作出合并决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上至少公告三次。债权人自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自第一次公告之日起九十日内，债权人有权要求公司清偿债务或者提供担保。不清偿债务又不提供担保的，公司不得合并。

5、公司合并应当办理相应的登记手续。合并其他公司的公司应当于公司合并之后就发生变化的登记事项向登记机关申请办理变更登记；被合并的公司应到登记机关依法办理注销登记手续。

《中华人民共和国公司法》第十四条

公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。

分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。

第一百七十二条

公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。